Thèse soutenue

Outils de bioinformatique pour la biologie des systèmes de la déficience en dysferline
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Auteur / Autrice : Apostolos Malatras
Direction : Gillian Butler-BrowneSimone SpulerWilliam Duddy
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Bioinformatique
Date : Soutenance le 13/12/2017
Etablissement(s) : Paris 6 en cotutelle avec Freie Universität (Berlin)
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Complexité du vivant (Paris)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Centre de recherche en myologie (Paris ; 2014-....)
Jury : Président / Présidente : Frédéric Devaux
Examinateurs / Examinatrices : Sigmar Stricker, Maria Reichenbach, Yetrib Hathout
Rapporteurs / Rapporteuses : Georgios Paliouras

Mots clés

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Résumé

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Le but de mon projet est de créer et d’appliquer des outils pour l’analyse de la biologie des systèmes musculaires en utilisant différentes données OMICS. Ce projet s’intéresse plus particulièrement à la dysferlinopathie due la déficience d’une protéine appelée dysferline qui est exprimée principalement dans les muscles squelettiques et cardiaque. La perte du dysferline due à la mutation (autosomique-récessive) du gène DYSF entraîne une dystrophie musculaire progressive (LGMD2B, MM, DMAT). Nous avons déjà développé des outils bio-informatiques qui peuvent être utilisés pour l’analyse fonctionnelle de données OMICS, relative à la dyspherlinopathie. Ces derniers incluent le test dit «gene set enrichment analysis», test comparant les profils OMICS d’intérêts aux données OMICS musculaires préalablement publiées ; et l’analyse des réseaux impliquant les diffèrent(e)s protéines et transcrits entre eux/elles. Ainsi, nous avons analysé des centaines de données omiques publiées provenant d’archives publiques. Les outils informatiques que nous avons développés sont CellWhere et MyoMiner. CellWhere est un outil facile à utiliser, permettant de visualiser sur un graphe interactif à la fois les interactions protéine-protéine et la localisation subcellulaire des protéines. Myominer est une base de données spécialisée dans le tissu et les cellules musculaires, et qui fournit une analyse de co-expression, aussi bien dans les tissus sains que pathologiques. Ces outils seront utilisés dans l'analyse et l'interprétation de données transcriptomiques pour les dyspherlinopathies mais également les autres pathologies neuromusculaires.