La biométrie suscite de plus en plus d’intérêt de la part des industriels car nous avons besoin de nouvelles méthodes d’authentification d’un individu : pour du contrôle d’accès physique, du contrôle aux frontières ou pour du paiement. Ces données non révocables et sensibles sont très souvent stockées sur des systèmes embarqués de type élément sécurisé (SE), comme par exemple une carte à puce. Ces SE embarquent aussi un module de comparaison nommé On-Card-Comparison (OCC), permettant de déterminer si le template présenté correspond bien à celui stocké sur l’élément sécurisé. Dans cette thèse, nous nous intéressons particulièrement aux empreintes digitales car c’est une modalité biométrique bien perçue par les usagers. Nous proposons dans cette thèse différentes contributions permettant d’évaluer des systèmes biométriques embarqués. La première est une plateforme d’évaluation de systèmes biométriques nommée EVABIO. La seconde contribution, permet d’évaluer l’incidence sur les performances lors de la réduction de templates biométriques lorsqu’ils doivent être stockés sur un SE. Nous proposons des méthodes permettant de réduire la taille du template biométrique tout en gardant un taux de reconnaissance élevé, garantissant ainsi un bon niveau de performance du système biométrique complet. La dernière contribution étudie les attaques d’un système biométrique embarqué sur SE. Nous regardons quels a priori sont importants pour un imposteur : nous avons montré que le type de l’empreinte digitale est une information importante pour un attaquant. Nous avons également proposé une contre-mesure pour les systèmes embarqués.