Développement de modèles spécifiques aux séquences génomique virales

Developing viral genomic data-specific classification models

• Auteur / Autrice : Louise-Amelie Schmitt
• Direction : Guillaume Blin
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Informatique
• Date : Soutenance le 19/07/2017
• Etablissement(s) : Bordeaux
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale de mathématiques et informatique (Talence, Gironde ; 1991-....)
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Laboratoire bordelais de recherche en informatique
• Jury : Président / Présidente : Guillaume Blin
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Marie Beurton-Aimar
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Christine Gaspin, Pierre Peterlongo

Mots clés

Mots clés contrôlés

Métagénomique

Théorie des machines séquentielles

Bioinformatique

Mots clés libres

Métagénomique

Apprentissage machine

Environnement

Phylogénie

Assignation taxonomique

Classification supervisée

K-mers

Signature

Virologie

Metagenomics

Machine learning

Environment

Phylogeny

Taxonomic assignment

Supervised classification

K-mers

Signature

Virology

Résumé

Le séquençage ADN d'échantillons complexes contenant plusieurs espèces est une technique de choix pour étudier le paysage viral d'un milieu donné. Or les génomes viraux sont difficiles à identifier, de par leur extrême variabilité et la relation étroite qu'ils entretiennent avec leurs hôtes. Nous proposons de nouvelles pistes de recherche pour apporter une solution spécifique aux séquences virales afin de répondre au besoin d'identification pour lequel les solutions génériques existantes n'apportent pas de réponse satisfaisante.

DNA sequencing of complex samples containing various living species is a choice approach to study the viral landscape of a given environment. Viral genomes are hard to identify due to their extreme variability and the tight relationship they have with their hosts. We hereby provide new leads for the development of a virusesspecific solution to the need for accurate identification that hasn't found a satisfactory solution in the existing universal software so far.