Auteur / Autrice : | Flora Vincent |
Direction : | Chris Bowler |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Biologie |
Date : | Soutenance le 21/11/2016 |
Etablissement(s) : | Sorbonne Paris Cité |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Frontières de l'innovation en recherche et éducation (Paris ; 2006-....) |
Partenaire(s) de recherche : | établissement de préparation : Université Paris Descartes (1970-2019) |
Laboratoire : Institut de biologie de l'école normale supérieure | |
Jury : | Président / Présidente : Jérôme Chave |
Examinateurs / Examinatrices : Chris Bowler, Jérôme Chave, Catherine Legrand, Elisa Thébault, Karine Leblanc | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Jérôme Chave, Catherine Legrand |
Mots clés
Résumé
Les diatomées sont des micro-algues unicellulaires, qui jouent un rôle primordial dans l’eco-système marin. En effet, elles sont responsables de 20% de l’activité photosynthétique sur Terre, et sont à la base de la chaîne alimentaire marine, toujours plus menacée par le changement climatique. Les diatomées établissent diverses interactions microbiennes avec des organismes issus de l’ensemble de l’arbre du vivant, à travers des méchanismes complexes tels que la symbiose, le parasitisme ou la compétition. L’objectif de ma thèse a été de comprendre comment ces interactions structurent la communauté du plancton, à grande échelle spatiale. Pour ce faire, j’ai développé de nouvelles approches basées sur le jeu de données inédit de Tara Océans, une expédition mondiale qui a exploré la diversité et les fonctions des microbes marins, en récoltant plus de 40.000 échantillons à travers 210 sites autour du monde. Grâce à l’analyse de réseaux de co-occurrence microbiens, je montre d’une part que les diatomées agissent comme des « ségrégateurs répulsifs » à l’échelle globale, en particulier envers les organismes potentiellement dangeureux tels que les prédateurs et les parasites, et d’autre part que la co-occurrence des espèces ne s’explique qu’en minorité par les facteurs environnementaux. Grâce à la richesse des données Tara Océans, j’ai par ailleurs permis la charactérisation d’une interaction biotique impliquant une diatomée et un cilié hétérotrophe à l’échelle de l’eco-système, illustrant de surcroît le succès des approches dirigées par les données. Dans l’ensemble, ma thèse contribue à notre compréhension des interactions biotiques impliquant les diatomées, de l’échelle globale à la cellule unique.