Etude de l'organisation du génome de poulet à travers les séquences répétées

Study of the organization of the chicken genome through repeated sequences

• Auteur / Autrice : Sébastien Guizard
• Direction : Yves Bigot
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences de la vie
• Date : Soutenance le 01/07/2016
• Etablissement(s) : Tours
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Santé, Sciences Biologiques et Chimie du Vivant (Centre-Val de Loire)
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Physiologie de la Reproduction et des Comportements (Tours)
• Jury : Président / Présidente : Alain Goudeau
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Elisabeth Le Bihan-Duval, Florian Maumus
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Richard Cordaux, Emmanuelle Lerat

Mots clés

Mots clés contrôlés

ADN satellite

Expression génique

CRISPR (génétique)

Marqueurs de séquences exprimées

Poulets

Génome

Mots clés libres

Poulet

ADN satellite

Éléments transposables

Bio-informatique

Benchmarking

Répétitions

Chicken

Satellite DNA

Transposable elements

Bioinformatics

Benchmarking

Repeat

Résumé

Les génomes des espèces aviaires ont des caractéristiques particulières comme la structure des chromosomes et le contenu en séquences répétées. En effet, alors que dans les génomes vertébrés, la proportion de répétitions dans le génome varie de 30 à 55 %, dans les espèces aviaires, cette proportion est plus faible et varie de 8 à 10 %. L’annotation du contenu répété est le plus souvent réalisée avec le programme RepeatMasker qui s’appuie généralement sur la banque de séquences répétées Repbase. Ce genre de méthode repose uniquement sur la séquence des éléments transposables connus. De fait, ce programme n’est pas en mesure de détecter de nouvelles séquences répétées, et la qualité de l’annotation sera donc dépendante de la banque de séquences d’éléments transposables utilisée. De plus en plus d’études montrent que les éléments transposables jouent un rôle dans le fonctionnement du génome et peuvent influer sur l’expression des gènes. Il est donc primordial que l’annotation de ces séquences soit la plus complète possible. Au cours de ma thèse a été mise en place une stratégie d’annotation des séquences répétées que nous avons élaborée et appliquée à un génome de grande taille, celui de la poule rouge de jungle. L’annotation ainsi obtenue m’a permis d’étudier l’organisation du génome de cette espèce au travers de ses séquences répétées et éléments transposables.

The genomes of avian species have special features such as the structure of chromosomes or their content in repeated sequences. Indeed, compared to vertebrate genomes in which the amount of repetitions varies from 30 to 55%, it is lower in avian species and varies from 8 to 10%. The annotation of repeated content is most often done with the RepeatMasker program that is generally use the Repbase database of repeated sequences. This kind of approach is based solely on the sequence of already known transposable elements. In fact, this program is not able to detect new repeats and in consequence produced annotations with a quality that depends on the sequences of transposable elements used. More and more studies show that transposable elements play a role in the functioning of the genome and can influence gene expression. It is therefore essential that the annotation of these sequences is as complete as possible. There are many programs using methods for detecting de novo transposable elements, either by searching for characteristic structures, or by comparing the genome against itself. However, no standard strategy of annotation for repeated sequences have been defined yet. My thesis aims to set-up a standard strategy of annotation for repeated sequences that was applied to a large genome, that of the red jungle fowl. The obtained annotation allowed me studying the genome organization in this species through its repeated sequences and transposable elements.