Etude des réseaux de reconnaissance biomoléculaire à l'échelle atomique pour les systèmes ARN et ARN/protéines
Auteur / Autrice : | Luigi D'Ascenzo |
Direction : | Pascal Auffinger |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Biophysique et biochimie structurale |
Date : | Soutenance le 29/09/2016 |
Etablissement(s) : | Strasbourg |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Architecture et réactivité de l'ARN (Strasbourg) |
Jury : | Président / Présidente : Albert Weixlbaumer |
Examinateurs / Examinatrices : Pascal Auffinger, Albert Weixlbaumer, Neocles Leontis, Giovanni Bussi | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Neocles Leontis, Giovanni Bussi |
Résumé
Mis à part les liaisons hydrogène, d’autres interactions non covalentes participent dans les réseaux de reconnaissance ARN et ARN protéines. Parmi celles-ci, j’ai étudié les interactions oxygène-pi. Cette interaction prend la forme phosphate-pi dans les U turns et O4'-pi dans les motifs ARN-Z. Je propose une nouvelle classification des boucles de quatre nucléotides, décrivant les U turn et les Z turn à partir d’interactions oxygène-pi. De plus, les motifs "Z like" présents dans tous les ARN, sont aussi reconnus par certaines protéines immunologiques. Pour mieux comprendre les réseaux de reconnaissance biomoléculaire, nous avons examiné les interactions entre cations/anions et ARN. Nous avons trouvé de nombreuses erreurs dans les structures de la PDB et proposé des règles pour améliorer l'attribution d’espèces ioniques. Les résultats de cette thèse amélioreront notre connaissance des réseaux de reconnaissance biomoléculaire et aideront aux techniques de modélisation structurale des ARN.