Thèse soutenue

Acinetobacter baumanii : étude de modifications post-traductionnelles et du biofilm à l'interface air-liquide par approches protéomiques
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Auteur / Autrice : Takfarinas Kentache
Direction : Julie Hardouin
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Chimie
Date : Soutenance en 2016
Etablissement(s) : Rouen
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale normande de chimie (Caen)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Polymères, biopolymères, surfaces (Saint-Etienne-du-Rouvray, Seine-Maritime ; 1974-...)
Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Suzana Salcedo, Jean Armengaud

Mots clés

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Résumé

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Acinetobacter baumannii est devenu ces dernières années un agent pathogène majeur, responsable de véritables épidémies d’infections nosocomiales. Sa capacité à former des biofilm, en particulier à l'interface air-liquide (pellicule) lui permet de mieux résister aux agents antimicrobiens et de mieux persister en milieu hospitalier. Cette faculté de former une pellicule est retrouvée uniquement chez les espèces impliquées dans les infections nosocomiales. Par ailleurs, il a été rapporté que les MPTs des protéines, comme la phosphorylation et l���O-glycosylation, peuvent moduler la pathogénicité et la résistance aux antibiotiques chez A. Baumannii d’où l’intérêt de la caractérisation des MPTs. Nous nous sommes intéressés, dans un premier temps, à l’identification des mécanismes impliqués dans la formation de la pellicule par approche protéomique à large échelle. 620 protéines sont exprimées différentiellement entre les modes planctonique, pellicule 1 jour et pellicule 4 jours. Ces protéines appartiennent des diffèrent processus biologiques. Certains de ces processus sont sur-représentées au cours du développement de la pellicule, comme l’assemblage des OMPs, le métabolisme des acides aminés aromatiques ou la biosynthèse des PNAGs. Dans la pellicule 1 jour, les bactéries exprimaient des besoins importants vis-à-vis du fer, du phosphate et du magnésium. La régulation via le QS et l’acétylation/diacétylation des protéines seraient très active dans la pellicule 1 jour. La pellicule 4 jours est caractérisée par l’expression de multiples facteurs de virulence. La cohésion de cette pellicule est maintenue par la mise en place de plusieurs types de pili et de facteurs d’adhésion. De cette étude, nous avons mis en évidence des biomarqueurs relatifs aux pellicules 1 jour et 4 jours. Dans un deuxième temps, nous avons étudié la N-acétylation et la N-triméthylation des protéines chez A. Baumannii. Nous avons montré l’utilité de différentes approches de préfractionnement des échantillons (SCX, enrichissement, IEF) afin d’identifier plus de protéines modifiées. Concernant la N-acétylation, 525 protéines acétylées (145 Nα-acétylées et 411 Nε-acétylées) ont été identifiées. Ces protéines pourraient être impliquées dans la formation du biofilm et la virulence (systèmes d’acquisition du fer, synthèse des LPSs et de la capsule), mais également dans l’adaptation et la résistance aux antibiotiques. Pour la N-triméthylation, 102 protéines modifiées ont été identifiées (44 R-triméthylées et 60 K-triméthylées). Certaines sont liées à la virulence chez A. Baumannii, comme les pili type IV, les lipases et la glycosyltransferase PglC. La R-triméthylation des protéines serait un processus très important dans la pellicule mature de 4 jours. De plus, nous avons observé des protéines acétylées et triméthylées sur le même résidu lysine, suggérant une régulation croisée de ces protéines via ces 2 MPTs.