Développement de tests rapides pour le diagnostic des méningites bactériennes aiguës : étude de l’émergence du sérogroupe X

Development of the rapid diagnosis tests for acute bacterial meningitis : study of the emergence of serogroup X

• Auteur / Autrice : Alain Agnememel
• Direction : Muhamed-Kheir Taha
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Microbiologie procaryote et eucaryote
• Date : Soutenance en 2015
• Etablissement(s) : Sorbonne Paris Cité
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Bio Sorbonne Paris Cité (Paris ; 2014-....)
• Partenaire(s) de recherche : autre partenaire : Université Paris Diderot - Paris 7 (1970-2019)

Mots clés

Mots clés contrôlés

Surveillance épidémiologique

Tests de diagnostic rapide

Immunochromatographie

Afrique

Méningite à méningocoques

Méningite à méningocoques

Méningite bactérienne

Neisseria meningitidis

Résumé

L'émergence des méningites X dues à Neisseria meningitidis (NmX) a été observée en Afrique sub-saharienne en 2006. Cependant, les isolats du NmX y ont été détectés depuis les années 1990. Notre objectif était d'entreprendre des études génomiques pour comprendre cette émergence et développer des outils permettant l'amélioration de la surveillance épidémiologique des méningites X. Nous avons séquencé les génomes entiers d'isolats du sérogroupe X de pays de l'Afrique sub-saharienne et avons montré que l'émergence est due à l'expansion d'un génotype particulier dans le complexe clonai (cc) 181. Ces isolats africains sont plus virulents dans un modèle de souris transgénique en comparaison aux isolats du sérogroupe X de l'Europe. Ensuite, nous avons développé et évalué un nouveau test de diagnostic rapide (TDR) pour détecter le polyoside capsulaire (cps) du NmX (cpsX). Des bactéries entières inactivées NmX et des conjugués cpsX ont été utilisés pour produire des anticorps qui ont été utilisés pour développer un test rapide (TDR) d'immunochromatographie en bandelette pour détecter le sérogroupe X. Ce TDR été évalué sur une collection de 369 liquides cérébro-spinaux (LCS) obtenus dans plusieurs sites (Cameroun, Côte d' Ivoire, France et Niger). Un test PCR a été utilisé comme référence. Le TDR était spécifique pour les souches NmX avec une limite de détection à 105 CFU/ml et de 1 ng / ml pour le cpsX purifié. La sensibilité et la spécificité étaient de 100 % et 94 % pour les 369 LCS testés ; et les valeurs prédictive positive et négative étaient 100 et 98% respectivement avec un accord élevé entre le test de référence (PCR) et le TDR (coefficient Kappa de 0,98).

The emergence of meningitis X due to Neisseria meningitidis (NmX) occurred in sub-Saharan Africa in 2006. However, NmX isolates were detected since the 1990s. Our objective was to undertake genomic studies to understand the emergence and also develop tools for improving epidemiological surveillance of meningitis X. We sequenced the whole genomes of NmX isolates from countries in sub-Saharan Africa and showed that emergence is due to the expansion of a particular genotype in clonal complex (CC) 181. These Africans isolates are more virulent in a transgenic mouse model compared to NmX isolates from France. Then we have developed and evaluated a new rapid diagnostic test (RDT) to detect the capsular polysaccharide (cps) of NmX (cpsX). Whole bacteria NmX inactivated and conjugated cpsX were used to produce antibodies that were used to develop a rapid test (RDT) in immunochromatography strip to detect serogroup X. This TDR was been evaluated on a collection of 369 cerebrospinal fluid (CSF) obtained from several sites (Cameroon, Ivory Coast, Niger and France). A PCR assay was used as reference. TDR was specific for NmX strains with a detection limit of 105 CFU / ml and 1 ng / ml for purified cpsX. The sensitivity and specificity were 100% and 94% for the 369 tested CSF; and positive and negative predictive values were 100 and 98% respectively with a high agreement between the reference test (PCR) and TDR (kappa 0. 98).