Développements en spectrométrie de masse pour l’étude des complexes biologiques

Developments of mass spectrometry for the study of biological complexes

• Auteur / Autrice : Nha Thi Nguyen Huynh
• Direction : Emmanuelle Leize-Wagner
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Chimie analytique
• Date : Soutenance le 12/10/2015
• Etablissement(s) : Strasbourg
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Chimie de la matière complexe (Strasbourg)
• Jury : Président / Présidente : Annick Dejaegere
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Virginie Redeker, Olivier Laprévote

Mots clés

Mots clés contrôlés

Interactions protéine-protéine

Interactions ADN-protéine

Ionisation

Dimérisation

Spectrométrie de masse

Composés complexes

Mots clés libres

Spectrométrie de masse

Pontage chimique

Complexes biologiques non-covalents

Étude dynamique

Interaction protéine-protéine

Interaction protéine-ADN

Interaction protéine-ligand

Mass spectrometry

Cross-linking

Non-covalent biological complexes

Dynamics study

Protein-protein interaction

Protein-DNA interaction

Protein-ligand interaction

Résumé

L’élucidation des interactions non-covalentes des complexes biologiques revêt d’une importance majeure dans la compréhension du fonctionnement cellulaire. L’objectif de ce travail de thèse est d’approfondir les développements de la spectrométrie de masse (MS) pour l’étude de ces complexes, que ce soit par MALDI-MS (la désorption-ionisation laser assistée par matrice) ou par ESI-MS (l’ionisation électrospray). Ce travail s’est articulé autour de trois axes : i) étude de la stœchiométrie et de la topologie du complexe SAGA HAT (Spt-Ada-Gcn5 Acétyltransferase, module Histone Acétyl Transferase) par pontage chimique couplé à la MS ; ii) suivi de la dimérisation des complexes formés par RAR-RXR (récepteur de l’acide rétinoïque - récepteur X des rétinoïdes) avec différents ADNs ; iii) mesure de la constante de dissociation des complexes RXR-ligand. Les méthodologies développées ont permis de repousser le potentiel de la MS et d’obtenir des informations structurales des complexes biologiques.

Elucidation of non-covalent interactions of biological complexes takes on great importance for the understanding of cellular function. The purpose of this thesis is a further development of mass spectrometry (MS) for the study of these complexes, either by MALDI-MS (matrix-assisted laser desorption-ionization) or by ESI-MS (electrospray ionization). This work was focused on three main lines: i) study of the stoichiometry and the topology of SAGA HAT (Spt-Ada-Gcn5 Acetyltransferase, Histone Acetyl Transferase module) complex by chemical cross-linking coupled to MS; ii) monitoring the dimerization of the complexes formed by RAR-RXR (retinoic acid receptor - retinoid X receptor) with different DNAs; iii) measuring the dissociation constant of RXR-ligand complexes. The developed methodologies made it possible to expand the potential of MS and get insight into structure of biological complexes.