Thèse soutenue

Développement d'un indice d'abondance robuste pour le thon rouge (Thunnus thynnus) en Méditerranée Nord-Occidentale obtenu par suivi aérien
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Auteur / Autrice : Bauer Robert Klaus
Direction : Jean-Marc FromentinSylvain Bonhommeau
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Ecosystèmes et sciences agronomiques
Date : Soutenance le 30/11/2015
Etablissement(s) : Montpellier
Ecole(s) doctorale(s) : Systèmes Intégrés en Biologie, Agronomie, Géosciences, Hydrosciences, Environnement (Montpellier ; École Doctorale ; 2009-2015)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Unité Mixte de Recherche CNRS-IFREMER-IRD-UM 9190 MARBEC Marine Biodiversity, Exploitation and Conservation Université de Montpellier
Jury : Examinateurs / Examinatrices : Jean-Marc Fromentin, Sylvain Bonhommeau, Pascal Monestiez, Vincent Ridoux, Thierry Boulinier, Len Thomas
Rapporteurs / Rapporteuses : Pascal Monestiez, Vincent Ridoux

Résumé

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Le déclin du thon rouge de l'Atlantique nord-est et de Méditerranée (ABFT, Thunnus thynnus) qui faisait suite à une forte surexploitation a été largement médiatisé au cours de la dernière décennie. Pour contrer cette tendance et reconstituer ce stock, d’importantes mesures de gestion ont été mises en place à partir de 2007. En dehors des difficultés liées à leur mise en œuvre et à leur contrôle, la gestion des pêcheries thonières est aussi limitée dans les capacités à suivre précisément les variations d’abondance de ces espèces dont les observations reposent principalement sur les données de pêche. Le manque d’indice d’abondance fiable fait que l’évaluation du thon rouge, comme celle des autres espèces de poissons grands pélagiques, est entachée d’importantes incertitudes. Cependant, les suivis aériens pourraient permettre de fournir un indice d’abondance du thon rouge. Ils sont en effet fréquemment utilisés pour l'évaluation de l'abondance des mammifères marins et aussi par les pêcheurs pour détecter les poissons épipélagiques, comme les thons. Dans ce contexte général, cette thèse a pour objectifs : (i) d'évaluer des facteurs qui affectent potentiellement la détectabilité des thons pendant les suivis aériens, (ii) d’analyser leur comportement horizontal et vertical et les facteurs environnementaux qui l’influencent, et (iii) d’intégrer les connaissances acquises pour développer un indice abondance robuste du thon rouge en Méditerranée Nord Occidentale. Les analyses reposent sur des suivis aériens conduits depuis 2000 dans le golfe du Lion, une zone de nourricerie importante pour le thon rouge. Une modélisation des données basée sur le « distance sampling » montre des effets significatifs des observateurs, de la taille des bancs de thons et de l'état de la mer sur l’estimation d’abondance. Cette étude confirme par ailleurs une augmentation importance des abondances entre 2003 et 2009, probablement en réponse aux mesures de gestion mises en œuvre depuis 2007 (notamment la taille minimale de débarquement de 30 kg). Pour évaluer les effets du comportement sur les estimations d'abondance, une étude a porté sur les trajectoires de thons issues du marquage électronique. Ces analyses montrent une disponibilité des thons rouge ainsi qu’une présence en surface dans la zone et la période (Août-Octobre) des suivis aériens ; résultat confortant la fiabilité de l’indice d’abondance. On note également des changements saisonniers du comportement, avec un approfondissement des thons à partir de mi-Novembre correspondant à la dé-stratification de la colonne d’eau. Le comportement de plongée profonde était particulièrement fréquent pendant les mois de forte productivité biologique (février-Mai), mais des plongées profondes ont également été observées à la fin de l'été en relation avec des fronts thermiques. La variabilité des schémas migratoires sur l’horizontale et du comportement sur la verticale indique une forte composante opportuniste, probablement liée à la disponibilité des ressources alimentaires. Les résultats obtenus durant cette thèse démontrent la faisabilité d’obtenir un indice d’abondance de thon rouge robuste à partir des suivis aériens (donc indépendants des données de pêche) et fournissent un cadre théorique et méthodologique pour une extension de ce type de suivi afin de diminuer les incertitudes autour de l’évaluation de ce stock. Outre le thon rouge, les suivis aériens ont également permis un suivi du rorqual commun (Balaenoptera physalus) et des dauphins rayés (Stenella coeruleoalba). La présence des mammifères marins semble également être liée à la productivité élevée et l'activité méso-échelle de la zone d'étude. Si les dauphins présentent une distribution spatiale en partie corrélée à celle du thon rouge, les rorquals ne présentent pas de forte co-occurrence avec le thon rouge, résultat qui confirmerait une certaine proximité des régimes alimentaires des thons et des dauphins.