Thèse soutenue

Développement d’un système informatique intégré pour la gestion des données de laboratoire et des étapes de séquençage de nouvelle génération au sein d’une plateforme de recherche en génomique du cancer
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Auteur / Autrice : Catherine Voegele
Direction : James McKay
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Bioinformatique
Date : Soutenance le 27/11/2015
Etablissement(s) : Lyon 1
Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale de Biologie Moléculaire Intégrative et Cellulaire (Lyon)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Centre international de recherche sur le cancer
Jury : Président / Présidente : Joël Lachuer
Examinateurs / Examinatrices : Françoise Galateau-Sallé, David Cox
Rapporteurs / Rapporteuses : Anke Van den Berg, Tom Gaunt

Résumé

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L'objectif de mon travail de thèse était de développer des outils bio informatiques permettant d'améliorer la traditionnelle gestion de l'information scientifique au sein d'un grand centre de recherche et en particulier au sein d'une plateforme de génomique. Trois outils ont été développés: un cahier de laboratoire électronique, un système de gestion de l'information de laboratoire pour des applications de génomique dont le séquençage de nouvelle génération, ainsi qu'un système de gestion des échantillons pour de grandes bio-banques. Ce travail a été réalisé en étroite collaboration avec des biologistes, épidémiologistes et informaticiens. Il a également inclus la mise en place d'interactions entre les différents outils pour former un système informatique intégré. Les trois outils ont été rapidement adoptés par l'ensemble des scientifiques du centre de recherche et sont désormais utilisés au quotidien pour le suivi de toutes les activités de laboratoire mais aussi plus globalement pour les autres activités scientifiques du centre de recherche. Ces outils sont transposables dans d'autres instituts de recherche