Recherche de mutations induisant des résistances aux antiviraux chez des patients atteints du virus de l'immunodéficience humaine de type 1, du virus de l'hépatite B et de l'hépatite C

par Sofiane Mohamed

Thèse de doctorat en Pathologie humaine. Maladies infectieuses

Sous la direction de Philippe Halfon et de Daniel Olive.

Soutenue le 20-01-2015

à Aix-Marseille , dans le cadre de Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille) , en partenariat avec Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM) (laboratoire) .

Le président du jury était Valérie Giordanengo.

Le jury était composé de Philippe Halfon, Daniel Olive, Valérie Giordanengo, Jacques Izopet.

Les rapporteurs étaient Jacques Izopet.

mots clés

• Résistance
• Antiviraux
• Séquençage
• Dbs
• Vih-1
• Vhb
• Vhc
• Résistance virale aux médicaments
• Hépatite B -- diagnostic
• Prélèvement sanguin -- méthodes
• Agents antiVIH -- usage thérapeutique
• Techniques de diagnostic moléculaire -- méthodes
• Mutation faux-sens
• Analyse de séquence d'ADN
• Transcriptase inverse du VIH

Résumé

Les tests de laboratoire basés sur des techniques de biologie moléculaire sont des outils inestimables pour le suivi des patients, en particulier dans le cadre de l’infectiologie. Dans ce contexte clinique, ils peuvent permettre d’établir un diagnostic, un pronostic ainsi que de déterminer la stratégie thérapeutique antivirale la plus adaptée. Les virus hautement variables tel que le virus de l’immunodéficience humaine (VIH), de l’hépatite B (VHB) et de l’hépatite C (VHC) sont présents sous forme de quasi-espèces au sein de leur environnement réplicatif. Lorsque des pressions de sélection s’exercent telle que l’administration d’un antiviral, une redistribution des variants majoritaires est fréquemment observée en variants mutés pour mieux s’adapter à cet environnement. Nos travaux ont permis, dans ce contexte, de valider l’impact clinique des mutations majoritaires mais aussi minoritaires grâce à la mise en œuvre de plusieurs techniques de séquençage (pyroséquençage, séquençage à haut débit et PCR en allèle spécifique). Nous avons également validé l’utilisation d’un logiciel simple, fiable et utilisable en routine par le clinicien pour l’interprétation clinique de la masse de données générées par le séquençage à haut débit. Enfin dans le contexte du test diagnostique, nous avons cliniquement validé sur une cohorte de patients infectés par le VHB, l’utilisation du papier buvard (Dried Blood Spot) comme support de prélèvement alternatif non invasif de diagnostic, en particulier pour les populations n’ayant pas accès aux structures classiques de soins et pour les pays en voie de développement.

mots clés

• Resistance
• Antiviral
• Sequencing
• Dbs
• Hiv-1
• Hbv
• Hcv.

Titre traduit

Research of mutations inducing antiviral drugs resistance in patients infected with the Human Immunodeficiency type 1 virus, Hepatitis C and Hepatitis B virus

Résumé

Molecular biology based assays are invaluable tools for the patients follow-up. They can help to establish the prognosis, guide for the treatment decisions and assess the virological response to therapy. Highly variable viruses like Human Immunodeficiency Virus (HIV), Hepatitis B Virus (HBV) and Hepatitis C virus (HCV) which have a quasispecies distribution. Selection pressure on viral replicative environment such as an antiviral drug treatment, generally lead to a redistribution of the viral quasispecies with an increasing of the best adapted viral mutant. Our work allowed in this context to validate the clinical impact of majority but also minority mutations through the implementation of several sequencing techniques (pyrosequencing, high-throughput sequencing and allele-specific PCR). We also validated the use of a simple, reliable and routinely software solution by clinician for clinical interpretation of the mass of data generated by high-throughput sequencing. Finally, in the context of the diagnostic testing, we clinically validated in a cohort of patients infected with HBV, use the Dried Blood Spot technique as a supporting noninvasive diagnostic alternative sampling, especially for populations that have no access to conventional health structures and developing countries.