Thèse soutenue

Mise au point et évaluation d'une technique de PCR permettant la détection et le typage des entérovirus directement à partir de produits pathologiques ou d'échantillons environnementaux
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Auteur / Autrice : Wafa Ibrahim
Direction : Bruno Pozzetto
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Virologie
Date : Soutenance le 11/04/2014
Etablissement(s) : Saint-Etienne
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences Ingénierie Santé (Saint-Etienne)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Groupe sur l'immunité des muqueuses et agents pathogènes (Saint-Étienne)
Jury : Président / Présidente : Olivier Garraud
Examinateurs / Examinatrices : Bruno Pozzetto, Cécile Henquell, Didier Hober, Sylvie Pillet, Francis Delpeyroux

Mots clés

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Résumé

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Les entérovirus (EV) humains, membres de la famille des Picornaviridae, comprennent plus de 100 génotypes appartenant à 4 espèces : Enterovirus A, B, C et D. Ces virus sont à l’origine de pathologies très variées et occupent une place importante en santé publique. La méthode conventionnelle de typage des EV consiste en une réaction de séroneutralisation avec des antisérums spécifiques à partir de souches isolées en culture cellulaire ; cette technique est longue, coûteuse et limitée par sa capacité à identifier correctement les variants antigéniques et les nouveaux génotypes. De plus, elle est limitée aux génotypes cultivables. De nouvelles méthodologies de typage moléculaire par séquençage partiel du génome ont été récemment développées ; elles consistent à analyser une partie variable de la région codant une des protéines de capside (VP1 ou alternativement VP2 ou VP4). Cependant ces techniques sont le plus souvent réalisées à partir de souches isolées en culture cellulaire. Le but de ce travail a été de développer une technique de typage des EV directement sur des prélèvements cliniques en se basant sur le séquençage partiel de la région VP2 dont le laboratoire avait montré précédemment l’intérêt (Nasri et al., 2007). Pour le dessin des amorces, nous avons utilisé la stratégie CODEHOP (COnsensus DEgenerate Hybrid Oligonucleotide Primer) de manière à améliorer à la fois la spécificité et la sensibilité de la méthode d’amplification. Nous présentons ici un premier article décrivant la nouvelle technique de typage VP2 et rapportons son application au typage d’échantillons cliniques trouvés positifs par une PCR ciblant la région 5’ non codante du génome des EV sur une période de trois ans. Le deuxième article présente pour la première fois l’application d’une technique de typage direct à des échantillons environnementaux d’eaux usées. Le troisième article montre l’intérêt de coupler deux techniques de typage ciblant des régions différentes (VP1 et VP2) pour l’identification de souches d’EV isolées par culture cellulaire en Centre-Afrique. Malgré des problèmes de sensibilité, cette nouvelle technique de typage directement à partir d’échantillons peut rendre de grands services tant en clinique humaine que pour la surveillance environnementale