Thèse soutenue

Apport de la détection de polymorphismes nucléotidiques à l’échelle du génome pour la dissection génétique de caractères complexes et la caractérisation de l’éditome
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Auteur / Autrice : Pierre-François Roux
Direction : Sandrine LagarrigueOlivier Demeure
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biologie et agronomie
Date : Soutenance en 2014
Etablissement(s) : Rennes, Agrocampus Ouest
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Vie-Agro-Santé (Rennes)

Mots clés

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Résumé

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Démocratisées à la fin des années 2000, les technologies de séquençage haut8debit (NGS) ont progressivement révolutionne les domaines de la génétique et de la transcriptomique. Alors qu’historiquement, les premières études basées sur ces technologies s’attachaient à la création de séquences de référence pour des espèces variées, la diminution des couts du séquençage a ouvert la porte aux projets focalises sur l’étude des génomes et transcriptomes individuels. LestravauxpresentesdanscemanuscritmettentenlumierelepotentieldesNGSpourlacaracterisationdeSNPs, et leurutilisationpourladissectiongenetiquedescaracterescomplexesetpourl’identificationduphenomened’edition de l’ARN. L’originalité de nos travaux porte sur l’utilisation conjointe de multiples approches génétiques et expressionnelles (détection de QTLs , de traces de sélection, annotation de SNPs, différentiel d’expression, analyse d’expression allèle - spécifique) pour la dissection génétique de l’adiposité, leur intégration nous ayant permis d’identifier deux nouveaux candidats à la régulation de ce caractère : les gènes PARK2 et JAG2. Nous proposons, par ailleurs, les premières caractérisations d’editomes chez une espèce vertébrée non mammalienne la poule - et montrons que ce phénomène rare est influence par des facteurs tels que le sexe, l’âge, le génotype et l’alimentation. A l’heure actuelle, certains artefacts associes aux NGS sont encore négligés. Nous montrons ici que leur non. Considération a un impact important sur l’identification d’évènements singuliers comme l’édition de l’ARN.