Exploiting Heterogeneous Distributed Systems for Monte-Carlo Simulations in the Medical Field
Exploitation d'infrastructures hétérogènes de calcul distribué pour la simulation Monte-Carlo dans le domaine médical
Résumé
Particle-tracking Monte-Carlo applications are easily parallelizable, but efficient parallelization on computing grids is difficult to achieve. Advanced scheduling strategies and parallelization methods are required to cope with failures and resource heterogeneity on distributed architectures. Moreover, the merging of partial simulation results is also a critical step. In this context, the main goal of our work is to propose new strategies for a faster and more reliable execution of Monte-Carlo applications on computing grids. These strategies concern both the computing and merging phases of Monte-Carlo applications and aim at being used in production. In this thesis, we introduce a parallelization approach based on pilots jobs and on a new dynamic partitioning algorithm. Results obtained on the production European Grid Infrastructure (EGI) using the GATE application show that pilot jobs bring strong improvement w.r.t. regular metascheduling and that the proposed dynamic partitioning algorithm solves the load-balancing problem of particle-tracking Monte-Carlo applications executed in parallel on distributed heterogeneous systems. Since all tasks complete almost simultaneously, our method can be considered optimal both in terms of resource usage and makespan. We also propose advanced merging strategies with multiple parallel mergers. Checkpointing is used to enable incremental result merging from partial results and to improve reliability. A model is proposed to analyze the behavior of the complete framework and help tune its parameters. Experimental results show that the model fits the real makespan with a relative error of maximum 10%, that using multiple parallel mergers reduces the makespan by 40% on average, that checkpointing enables the completion of very long simulations and that it can be used without penalizing the makespan. To evaluate our load balancing and merging strategies, we implement an end-to-end SimGrid-based simulation of the previously described framework for Monte-Carlo computations on EGI. Simulated and real makespans are consistent, and conclusions drawn in production about the influence of application parameters such as the checkpointing frequency and the number of mergers are also made in simulation. These results open the door to better and faster experimentation. To illustrate the outcome of the proposed framework, we present some usage statistics and a few examples of results obtained in production. These results show that our experience in production is significant in terms of users and executions, that the dynamic load balancing can be used extensively in production, and that it significantly improves performance regardless of the variable grid conditions.
Les applications Monte-Carlo sont facilement parallélisables, mais une parallélisation efficace sur des grilles de calcul est difficile à réaliser. Des stratégies avancées d'ordonnancement et de parallélisation sont nécessaires pour faire face aux taux d'erreur élevés et à l'hétérogénéité des ressources sur des architectures distribuées. En outre, la fusion des résultats partiels est également une étape critique. Dans ce contexte, l'objectif principal de notre travail est de proposer de nouvelles stratégies pour une exécution plus rapide et plus fiable des applications Monte-Carlo sur des grilles de calcul. Ces stratégies concernent à la fois le phase de calcul et de fusion des applications Monte-Carlo et visent à être utilisées en production. Dans cette thèse, nous introduisons une approche de parallélisation basée sur l'emploi des tâches pilotes et sur un nouvel algorithme de partitionnement dynamique. Les résultats obtenus en production sur l'infrastructure de grille européenne (EGI) en utilisant l'application GATE montrent que l'utilisation des tâches pilotes apporte une forte amélioration par rapport au système d'ordonnancement classique et que l'algorithme de partitionnement dynamique proposé résout le problème d'équilibrage de charge des applications Monte-Carlo sur des systèmes distribués hétérogènes. Puisque toutes les tâches finissent presque simultanément, notre méthode peut être considérée comme optimale à la fois en termes d'utilisation des ressources et de temps nécessaire pour obtenir le résultat final (makespan). Nous proposons également des stratégies de fusion avancées avec plusieurs tâches de fusion. Une stratégie utilisant des sauvegardes intermédiaires de résultat (checkpointing) est utilisée pour permettre la fusion incrémentale à partir des résultats partiels et pour améliorer la fiabilité. Un modèle est proposé pour analyser le comportement de la plateforme complète et aider à régler ses paramètres. Les résultats expérimentaux montrent que le modèle correspond à la réalité avec une erreur relative de 10% maximum, que l'utilisation de plusieurs tâches de fusion parallèles réduit le temps d'exécution total de 40% en moyenne, que la stratégie utilisant des sauvegardes intermédiaires permet la réalisation de très longues simulations sans pénaliser le makespan. Pour évaluer notre équilibrage de charge et les stratégies de fusion, nous mettons en œuvre une simulation de bout-en-bout de la plateforme décrite ci-dessus. La simulation est réalisée en utilisant l'environnement de simulation SimGrid. Les makespan réels et simulés sont cohérents, et les conclusions tirées en production sur l'influence des paramètres tels que la fréquence des sauvegardes intermédiaires et le nombre de tâches de fusion sont également valables en simulation. La simulation ouvre ainsi la porte à des études paramétriques plus approfondies.
Origine : Version validée par le jury (STAR)
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