Investigations moléculaires dans la mort subite du sujet de moins de 35 ans

Molecular investigations of sudden cardiac death in people younger than 35 years

• Auteur / Autrice : Audrey Farrugia-Jacamon
• Direction : Bertrand Ludes
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
• Date : Soutenance le 05/12/2012
• Etablissement(s) : Strasbourg
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Physiopathologie et médecine translationnelle (Strasbourg)
• Jury : Président / Présidente : Daniel Rouge
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Guy Mensah-Nyagan
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Angel Carracedo, Philippe Chevalier

Mots clés

Mots clés contrôlés

Séquençage des acides nucléiques

Génétique

Myocarde -- Maladies

Mort subite

Mots clés libres

Mort subite

Cannalopathies

RyR2

KCNQ1

High resolution melting

Spectrométrie de masse MALDI-TOF

Prélèvements fixés au formol inclus en paraffine

Sudden death

Channelopathies

RyR2

KCNQ1

High resolution melting

Mass spectrometry MALDITOF

Formalin-fixed and paraffin-embedded

Résumé

Les canalopathies cardiaques congénitales constituent la principale hypothèse diagnostique dans les cas de mort subite inexpliquée chez les sujets de moins de 35 ans. Notre travail a eu pour objectif demettre au point une stratégie de détection post-mortem des mutations sur les gènes connus pour être impliqués dans les canalopathies cardiaques, applicable en routine, à partir de la principale source d’ADN post-mortem disponible en France à savoir les prélèvements fixés au formol et inclus en paraffine (FFIP). A partir d’une cohorte de 12 cas, deux techniques de détection de variants génétiques ont été évaluées, une technique de criblage par l’analyse des courbes de fusion haute résolution et une technique de génotypage par spectrométrie de masse MALDI-TOF, respectivement sur le gène KCNQ1 et le gène RyR2. Quelle que soit la technique utilisée, il n’est pas possible de s’affranchir du séquençage de type Sanger afin d’explorer les séquences d’intérêts qui n’ont pu être optimisées avec l’une ou l’autre des méthodes à la fois sur les prélèvements congelés et FFIP. L’arrivée des séquenceurs de nouvelles générations ouvrent ainsi de nouvelles perspectives dans ce domaine.

The congenital cardiac channelopathies constitute the principal diagnostic hypothesis in autopsynegative sudden unexplained death concerning people younger than 35 years old. The present study aimed to develop a strategy of mutations detection on known genes implicated in the cardiac channelopathies. This strategy of mutations detection had to be applicable to routine and has been studied on formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) tissues which are the principal DNA source available in France. On a cohort of 12 cases, two technique of sequence variants detection wereevaluated: the screening method of High Resolution Melt and the genotyping method based on a MALDI-TOF mass spectrometry, respectively on KCNQ1 and RyR2 genes. Whatever the technique, there is a necessity of resorting to the Sanger sequencing to explore the sequence of interest none optimized with one or the other technology both on FFEP and frozen tissues. That’s why the next generation sequencing method should open new perspectives in the post-mortem diagnostic of cardiac channelopathies.