Thèse soutenue

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Auteur / Autrice : Charlotte Mahiet
Direction : Simon Wain-Hobson
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Virologie
Date : Soutenance en 2012
Etablissement(s) : Paris 7

Résumé

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HSV-1 est un virus affectant l'humain et qui communément provoque des lésions oraux-faciales récurrentes. Même s'il y a des thérapies efficaces qui bloquent la réplication du virus, il n'est jamais éradiquer de son hôte. Ainsi, Cellectis a pour objectif de développer les méganucleases qui clivent spécifiquement au niveau du génome viral. La question initiale posée durant cette thèse a été de déterminer comment prouver l'efficacité et la sûreté d'une telle thérapie. Pour cela, nous avons proposé d'utiliser la technologie de Peignage Moléculaire pour la visualisation directe et l'analyse de molécules uniques par l'hybridation de sondes spécifiques sur de l'ADN irréversiblement fixé et étiré. Nous avons été confrontés à la complexité du génome HSV-1. En effet, ce génome de 152 kb est organisé en deux fragments, composés de séquences uniques entourés de séquences inversées répétés. Par recombinaison homologue entre les séquences répétées, quatre isomers sont générés. Nous avons testé l'hypothèse que quelque soit les cellules infectées ou la souche utilisée, les quatre isomers étaient répartis de façon équivalente. L'analyse par peignage moléculaire a révélé des distributions statistiquement non équivalentes en fonction de la souche et des cellules analysées. Nous avons également détectés des concatemères de réplication aussi long que 10 génomes équivalents ; De façon intéressante, les isomers étaient systématiquement répartis de façon équivalente dans ces concatemères suggérant que la différence de distribution survient au niveau du processus d'encapsidcation. Enfin, une proportion considérable d'éléments non canoniques a étés observés in vitro et in vivo.