Pandémie grippale A/H1N1 2009/2010 : Diagnostic et épidémiologie au laboratoire hospitalier de microbiologie clinique à Marseille

• Auteur / Autrice : Antoine Nougairede
• Direction : Xavier de Lamballerie
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Pathologie humaine
• Date : Soutenance le 12/01/2012
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Unité des virus émergents (Marseille)
• Jury : Président / Présidente : Jean-Louis Mège
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Xavier de Lamballerie, Jean-Louis Mège, Astrid Vabret, Laurent Andreoletti
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Astrid Vabret, Laurent Andreoletti

Mots clés

Mots clés contrôlés

Réaction de polymérisation en chaine en temps réel

Études séroépidémiologiques

Sous-type H1N1 du virus de la grippe A

Pandémies

Épidémiologie

Virus H1N1

Mots clés libres

Grippe

Pandémie

H1n1

Diagnostic

PCR en temps réel

Test rapide

Point of care

Épidémiologie

Hospitalisation

Séroprévalence

Flu

Pandemic

H1n1

Diagnosis

Real time PCR

Rapid influenza detection test

Point of care

Epidemiology

Hospitalization

Seroprevalence

Résumé

Fin avril 2009, un nouveau virus grippal A/H1N1 d'origine porcine émerge dans le monde causant la première pandémie grippale du XXIème siècle. Les différents travaux présentés dans cette thèse retracent la gestion de cette situation au laboratoire de virologie des hôpitaux publics de Marseille. D'avril 2009 à avril 2010, nous avons analysé plus de 13 000 prélèvements issus de cas suspects. Nous avons dû adapter continuellement les moyens mis en œuvre pour effectuer le diagnostic et la mise en place d'une stratégie 'Point of Care' s'est avérée très utile. Nos résultats montrent que l'usage des tests rapides en complément de la RT-PCR en temps réel permet de réduire significativement le délai de rendu des résultats pour les patients infectés. Les données épidémiologiques sur les nombreux cas suspects dépistés ont également permis d'obtenir en temps réel des informations précieuses sur l'épidémiologie de cette pandémie comme l'estimation de l'incidence par classe d'âge, la proportion de patients hospitalisés et la mortalité. Enfin, nous avons réalisé une étude de séroprévalence qui montre qu'environ 12% de la population française a été infectée par ce nouveau virus en 2009-2010 et que les taux d'attaque les plus élevés ont été observés chez les enfants et les jeunes adultes.

In late April 2009, a new swine-origin A/H1N1 Influenza virus emerged and spread rapidly worldwide causing the first influenza pandemic of the 21st century. This work describes how we coped with this emergency situation in the virology laboratory of Marseille public hospitals. From April 2009 to April 2010, we analyzed more than 13,000 samples from suspected cases. We needed to adapt continuously the organization to maintain diagnostic capacity and the implementation of a point of care strategy revealed very useful to achieve this goal. Our results support the use of rapid Influenza detection tests in combination with real-time RT-PCR because it reduces significantly the delay from sample to result for positive cases, thus giving the opportunity to improve patient management. Epidemiological data from all suspected cases tested allowed us to obtain timely precious information about the epidemiology of this pandemic as the estimation of (i) the incidence by age group, (ii) the rate of hospitalization and (iii) the mortality rate among tested patients. Finally, we set up a serological study and showed that around 12% of the French population had been infected by this new virus in 2009-2010 with higher attack rates observed in children and young adults.