Thèse soutenue

Étude de la protéostasie et du vieillissement chez Escherichia coli par l’utilisation d’algorithmes spatio-temporelle
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Auteur / Autrice : Alice Démarez
Direction : Lionel MoisanAriel Lindner
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences de la vie et de la santé
Date : Soutenance en 2011
Etablissement(s) : Paris 5
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Frontières de l'innovation en recherche et éducation (Paris ; 2006-....)
Jury : Président / Présidente : Miroslav Radman
Examinateurs / Examinatrices : Lionel Moisan, Ariel Lindner, Miroslav Radman, Rafael Giraldo, Hugues Berry, Reiner A. Veitia, Ivo F. Sbalzarini
Rapporteurs / Rapporteuses : Rafael Giraldo, Hugues Berry

Résumé

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L’accroissement de la mortalité et la décroissance du nombre de descendants avec l’âge (tous deux conduisant à une diminution de la valeur sélective) sont les signatures du vieillissement dans les organismes vivants. Il a été montré que la bactérie Escherichia coli, bien que se divisant de façon symétrique, vieillie. Expérimentalement, ces questions sont étudiées en réalisant des films au cours du temps qui permettent de suivre l’évolution et l’histoire des bactéries et produisant une très importante quantité d’images. J’ai mis au point une nouvelle méthode d'analyse d'image qui permet de réaliser la segmentation et le suivie en une seule étape. L’utilisation d’un algorithme spatio-temporelle ayant l’avantage d’utiliser la redondance présente dans le jeu d’image, contrairement aux méthodes classiques basées sur deux étapes consécutives et indépendantes. J’ai appliqué les outils d’analyse d’image pour étudier le rôle de l’agrégation des protéines mal repliées pour les cellules. Nous avons pu mettre en évidence, entre autre, que 40% de la diminution du taux de croissance observée précédemment est causé par la présence des agrégats. Ce travail a permis de mettre en place une nouvelle méthodologie d’analyse d’image améliorant la vitesse, la précision et la fiabilité des résultats d’une part et d’augmenter les connaissances sur la dynamique et sur les effets des agrégats naturellement présents sur le vieillissement bactérien d’autre part.