Etude des facteurs de prédisposition génétique de destruction des voies biliaires en période néonatale

Genetic predisposition factors of the biliary destruction in neonatal period

• Auteur / Autrice : Muriel Girard
• Direction : Alexandra Henrion-Caude
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Génétique
• Date : Soutenance en 2011
• Etablissement(s) : Paris 5

Mots clés

Mots clés contrôlés

microARN

Angiocholite sclérosante

Atrésie des voies biliaires

Voies biliaires

génétique

Claudines

MicroARN

Cholangite primitive sclérosante

Atrésie des voies biliaires

Génétique

Voies biliaires

Résumé

Seules deux pathologies entraînent une destruction des voies biliaires en période néonatale : l’atrésie des voies biliaires et la cholangite sclérosante néonatale. Leur mécanisme physiopathologique est mal connu. Nous avons souhaité étudier la prédisposition génétique à ces maladies afin de mettre en évidence de nouveaux acteurs du développement biliaire. Nous avons porté une attention particulière au rôle potentiel de gènes non-codants que sont les microARNs dans ces pathologies biliaires, en tant que gène candidat ou modificateur. L’atrésie des voies biliaires représente 70% des indications de transplantation hépatique chez l’enfant. Cependant, son étiologie n’est pas connue. Son incidence étant la plus importante chez les Polynésiens, nous avons choisi d’étudier cette population comme modèle nous permettant de tester l’existence de facteurs de prédisposition. Pour cela, nous avons bénéficié d’une cohorte exhaustive des patients de Polynésie française atteints d’atrésie des voies biliaires de 1979 à 2009. Nous avons pu établir qu’il existait une saisonnalité des naissances d’atrésie des voies biliaires qui suggère l’influence de facteurs environnementaux. Parallèlement, nous avons montré que la population Polynésienne étudiée est génétiquement homogène et peu mélangée, et qu’elle se distingue des autres populations. Nous avons pu également montrer que l’origine ethnique des patients influence l’incidence de la maladie et la présentation clinique de la maladie Enfin, nous avons réalisé le génotypage de 24 patients Polynésiens et de leurs parents par puce pan-génomique de 250k. L’analyse de liaison ne nous ayant pas permis de mettre en évidence de gène(s), nous avons testé le déséquilibre de liaison sur l’ensemble de nos trios. Par ajustement pour tests multiples, 58 SNPs présentaient une association suggestive à l’atrésie des voies biliaires, mettant en évidence 11 gènes, dont 9 impliqués dans une même voie de signalisation compatible avec la destruction des cholangiocytes. Ces résultats nous incitent à considérer l’atrésie des voies biliaires comme une maladie complexe dont l’incidence serait influencée par l’origine ethnique des individus. La cholangite sclérosante néonatale est une pathologie extrêmement rare, dont la présentation clinique peut être associée à une ichtyose. Le gène Claudine 1 est impliqué chez certains patients atteints de cette maladie présentant une ichtyose. Dans ce contexte, nous avons pu identifier une mutation identique chez 4 patients issus d’une même famille Marocaine, confirmant ainsi l’implication du gène Claudine 1 dans cette forme phénotypique de la maladie. Parallèlement, nous n’avons trouvé aucune mutation de ce gène chez les patients atteints de cholangite sclérosante néonatale qui ne présentaient pas d’ichtyose. Du fait de la récurrence de la maladie dans les fratries, nous avons fait l’hypothèse d’une transmission autosomique récessive pour les formes sans ichtyose. Nous avons bénéficié d’une famille consanguine de cholangite sclérosante sans ichtyose, et par analyse de liaison, nous avons pu identifier deux grandes régions d’homozygotie au niveau des chromosomes 17q12-q21. 33 et 3q13. 12-q13. 13 contenant un grand nombre de gènes candidats potentiels. Par ce travail, complété par un séquençage d’exome en cours, nous espérons identifier un (ou des) gène(s) impliqué(s) dans les cholangites sclérosantes sans ichtyose. Enfin, après une étude bibliographique nous permettant de clarifier les niveaux d’implication du microARN miR-122 dans le foie, nous avons exploré l’implication des microARNs dans différentes cholestases. Par séquençage d’un gène de microARN situé dans une région d’intérêt, nous avons exclu l’implication de mir-3924 dans l’atrésie des voies biliaires. De plus, nous avons génotypé différents polymorphismes situés dans des gènes candidats de cholestases, au niveau de sites de ciblage prédits de microARN. Ayant identifié un génotype identique chez les patients, une analyse de la fréquence allélique dans une population contrôle est en cours. Ces éléments ouvrent ainsi la possibilité d’explorations des microARNs et leur participation dans les pathologies biliaires.

We study the genetic predisposition to the Biliary Atresia (BA) and Neonatal Sclerosing Cholangitis (NSC) to identify new molecular actors of the biliary development. BA represents 70% of the of liver transplantation indication in children. BA incidence is the highest in Polynesians. In this population, we found births seasonality, indicating an environmental effect and demonstrate that incidence of the disease to the ethnic origin of the patients. By a pan-genomic genotyping of the cohort we found suggestive association with 58 SNPs delineating - coding genes implicated into a unique metabolic pathway that fits for the cholangipcytes destruction. NSC is a rare disease sometimes associated with ichtyosis. In the ichtyosis form of the disease, we (i) confirmed the Claudin-1 gene involvment, (ii) suggest a founder effect of the first exon mutation of Claudin-1 gene in the Moroccan population and (iii) suggest a modifying independant locus that could account of the intra-familial variability of the biliary desease. In the desease without ichtyosis, we demonstrated the absence of Claudin-1 gene mutation and we found two predisposition loci in 17q12 and 3q13. 12 by linkage analysis of a consanguineous family. An exome analysis of the patients is still in progress. This work, open also the involvment of the microRNAs in this field.