Développement d'une plateforme informatique hétérogène appliquée à la pharmacognosie

Development of a heterogeneous information platform dedicated to pharmacognosy

• Auteur / Autrice : Sylvain Blondeau
• Direction : Luc Morin-Allory
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Chimie informatique et théorique
• Date : Soutenance le 04/02/2011
• Etablissement(s) : Orléans
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences et technologies (Orléans ; 2009-2012)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut de chimie organique et analytique (Orléans ; 1995-2011)
• Jury : Président / Présidente : Bruno Villoutreix
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Luc Morin-Allory, Bruno Villoutreix, Jean-Marc Nuzillard, Philippe Jauffret, Philippe Bernard
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Jean-Marc Nuzillard, Philippe Jauffret

Mots clés

Mots clés contrôlés

Produits naturels

Criblage pharmacologique

Pharmacognosie

Mots clés libres

Pharmacognosie inverse

Selnergy

Criblage inverse

Reverse pharmacognosy

Selnergy

Inverse screening

Résumé

La pharmacognosie, science multidisciplinaire étudiant les produits naturels, n'a eu de cesse de s'adapter et d'évoluer parallèlement aux autres disciplines, en particulier les techniques d'analyse chimique et les technologies de l'information. De nouvelles approches complémentaires, comme la pharmacognosie inverse allant des molécules vers les organismes sources, un cheminement en sens inverse de la pharmacognosie, ont été développées. Les données nécessaires à ces études n'ont jamais été aussi nombreuses et hétérogènes. Molécules, activités, cibles, organismes sources et leurs usages traditionnels, sont autant d'informations essentielles à la pharmacognosie. Le but de cette thèse a été de développer une plateforme informatique, regroupant toutes ces informations diverses au sein d'une vaste base de données, accompagnée d'une interface web dédiée et d'outils de chémoinformatique et de fouille de données. Parallèlement, un enrichissement constant de cette base a été réalisé. Cette plateforme permet de rechercher et de consulter les informations, mais également de les croiser afin d'en faire émerger de nouvelles connaissances. Réellement optimisée pour la pharmacognosie, elle simplifie et améliore l'étude des produits naturels en permettant une approche sur de multiples niveaux (ethnopharmacologie, botanique, chimie), offrant de nouvelles possibilités d'interaction entre les données de ces différents domaines comme l'organism hopping (sauts entre organismes), une approche originale de comparaison des organismes selon leurs profils chimiques.

Pharmacognosy, a multidisciplinary science which studies natural products, has greatly evolved in parallel with other disciplines particularly analytical chemistry and information technologies. New complementary approaches like reverse pharmacognosy, from molecules to source organisms (in contrary of pharmacognosy), have been developed. Data necessary for these studies are overwhelming and heterogeneous. Molecules, activities, targets, organisms, traditional uses, are some of essential information for pharmacognosy. The main goal of this thesis was to develop an information platform, including a large database, to collect the diverse data, along with a specific web interface and also mining and cheminformatics tools. A constant enrichment of this database has also been realized. This platform allows to query and browse data, but also to cross them in order to discover new knowledge. Truely optimised for pharmacognosy, it makes easier and enhances the study of natural products, due to a multi-level approach (ethnopharmacology, botany, chemistry). It offers new possibilities of interaction between data from different domains, such as organism hopping, a new concept of organism comparisons according to their chemical profiles.