Analyse du génome de Nocardia cyriacigeorgica GUH-2 : plasticité génétique et métabolisme secondaire d'un pathogène opportuniste
Auteur / Autrice : | Anthony Zoropogui |
Direction : | Patrick Boiron, Didier Blaha |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Microbiologie |
Date : | Soutenance le 13/09/2011 |
Etablissement(s) : | Lyon 1 |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Evolution Ecosystèmes Microbiologie Modélisation |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Écologie Microbienne Lyon |
Jury : | Président / Présidente : Jean Freney |
Examinateurs / Examinatrices : Françoise Lucas, Petar Pujic | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Philippe Mazodier, Jean-Luc Pernodet |
Mots clés
Résumé
Les bactéries du genre Nocardia sont des Actinobactéries filamenteuses. Ces microorganismes sont saprophytes du sol. Les infections à Nocardia ou nocardioses se manifestent dans la majorité des cas (60%) par des infections pulmonaires et plus rarement par des infections cérébrales. La souche Nocardia cyriacigeorgica GUH-2 à causé la mort d’un patient dans les années 70. Des études sur cette souche ont montré qu’elle avait un haut pouvoir pathogène et qu’elle était capable dans certaines conditions de déclencher chez la souris et les primates le développement de troubles moteurs similaires à ceux observés dans la maladie de Parkinson. Afin d’appréhender l’implication de l’espèce pathogène opportuniste N. cyriacigeorgica dans l’une des plus importantes maladies neurodégénératives du 21ème siècle, le séquençage du génome de la souche N. cyriacigeorgica GUH-2 à été entrepris. Il a permis l’identification d’un grand nombre de gènes liés à la virulence et à la résistance aux antibiotiques ainsi que l’identification d’ilots génomiques et de séquences d’insertions reflétant une plasticité plus grande que celle qui était décrite pour ce genre bactérien. L’étude de groupements de gènes impliqués dans la production de métabolites secondaire a montré que ces molécules pourraient être responsables des propriétés neurodégénératives de la souche. L’espèce de N. cyriacigeorgica étant retrouvée fréquemment en clinique sans que son réservoir naturel n’ai été mis en évidence à ce jour, la mise au point de marqueurs de détection génétique a été réalisé afin de permettre la recherche de la niche écologique de cette espèce mais également de faciliter le diagnostic des nocardioses.