Effets de l'hydrodynamique et du transfert d'oxygène sur la physiologie de Streptomyces pristinaespiralis lors de cultures en flacons agités

Effect of hydrodynamic and transfer of oxygen on the physiology of Streptomyces pristinaespiralis in shake flasks

• Auteur / Autrice : Nasir Mehmood
• Direction : Michel Fick, Eric Olmos, Stéphane Delaunay
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Procédés biotechnologiques et alimentaires
• Date : Soutenance le 25/03/2011
• Etablissement(s) : Vandoeuvre-les-Nancy, INPL
• Ecole(s) doctorale(s) : RP2E - Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire réactions et génie des procédés
• Jury : Président / Présidente : Rémy Cachon
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Michel Fick, Eric Olmos, Stéphane Delaunay, Rémy Cachon, Caroline Gentric, Jérôme Morchain
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Caroline Gentric

Mots clés

Mots clés contrôlés

Oxygène

Hydrodynamique

Pristinamycine

Streptomyces

Mots clés libres

Streptomyces pristinaespiralis

Pristinamycines

Hydrodynamique

Puissance dissipée volumique

Transfert d’oxygène

Physiologie microbienne

Streptomyces pristinaespiralis

Pristinamycines

Hydrodynamics

Volume power dissipation

Oxygen transfer

Microbial physiology

Résumé

Dans le cadre de ce travail de thèse, la physiologie apparente de Streptomyces pristinaespiralis et plus spécifiquement la production de pristinamycines (déclenchement et concentration) a été reliée à son environnement hydrodynamique. Des cultures de S. pristinaespiralis ont été réalisées sous diverses conditions d'agitation et d'aération, en fioles lisses d’Erlenmeyer. Ces conditions engendrent des dissipations volumiques comprises entre 0,55 et 14 kW.m-3 et des kLa compris entre 30 et 490 h-1. Partant du constat de la complexité combinée de l’hydrodynamique rencontrée dans les bioréacteurs et de la réponse cellulaire, nous avons développé une approche pluridisciplinaire et multiéchelle à l’interface entre génie des procédés et physiologie quantitative. La réponse physiologique apparente a été quantifiée en termes de croissance, consommation des substrats, morphologie et production. L’hydrodynamique des fioles agitées a été notamment décrite par utilisation de la simulation numérique des écoulements. Par l’utilisation originale d’un modèle de rupture, les diamètres des pelotes ont été corrélés à l’échelle de dissipation de Kolmogorov. De plus, il a été montré que la dissipation défavorisait la croissance des pelotes. Ainsi, par le découplage de l’agitation et de l’aération, il a été montré que la taille des pelotes, contrôlée par la turbulence, impactait directement la consommation d’oxygène et la quantité de pristinamycines produites. Par ailleurs, le déclenchement de la production, résultante d’une limitation en substrats azotés et d’un apport en oxygène suffisant, est déterminé conjointement par la quantité du transfert d’oxygène et par la dissipation volumique

During this study, the physiology of Streptomyces pristinaespiralis and more specifically the production of pristinamycins (induction and concentration) were related to its hydrodynamic environment. Cultures of S. pristinaespiralis were performed under various conditions of agitation and aeration in non baffled Erlenmeyer flasks. According to the operating conditions, the volume power dissipation was from 0.55 to 14 kW.m-3 while kLa was from 30 to 490 h-1. Based on the observation of the complexity of both hydrodynamics encountered in bioreactors and of the cellular response, a multiscale and multidisciplinary approach between process engineering and quantitative physiology was developed. The apparent physiological response was quantified in terms of growth, substrates consumption, morphology and production. The hydrodynamics of the shake flasks was described using Computational Fluid Dynamics. Using an original break up model, the pellet diameters were correlated to the Kolmogorov dissipation scale. Moreover, it was shown that pellet growth was slowed down by the dissipation scale increase. Then, by decoupling the agitation and the aeration, it was shown that the pellets size, controlled by turbulence, impacted directly the consumption of oxygen and the concentration of pristinamycins. Furthermore, onset of pristinamycin production resulted in a limitation in nitrogen substrates as well as a sufficient oxygen supply which are determined by the oxygen transfer and the volume power dissipation