Measurement of cicular dichroism dynamics in a temperature jump experiment for the study of protein folding

par Mai Khuc

Thèse de doctorat en [Physique]

Sous la direction de François Hache.

Soutenue en 2011

à Palaiseau, Ecole polytechnique .

mots clés

• T-jump
• Dichroïsme circulaire
• Protéines -- Repliement

Titre traduit

Mesure de la dynamique du dichroïsme circulaire dans une expérience de T-jump pour l'étude du repliement des protéines

Résumé

La question de savoir comment les protéines se replient dans leur propre structure tridimentionnelle offre un défi passionnant pour les biophysiciens de nos jours. L'utilisation d'un saut de température rapide est une technique très puissante pour l'étude du processus de dénaturation des protéines. Toutefois, sonder la structure secondaire est un défi difficile et on obtient rarement des valeurs quantitatives. Le but principal de ce projet de thèse est de développer une mise en œuvre technique de dichroïsme circulaire dans l'UV extrême dans une expérience de saut de température nanoseconde. Notre expérience permet de suivre quantitativement l'évolution de la fraction hélicoïdale d'un peptide poly(acide glutamique) au cours de sa dénaturation thermique avec une résolution de 12 ns de temps.

Résumé

The question how proteins fold into their specific three-dimentional structures provides an exciting challenge for biophysicists nowadays. The use of a fast temperature-jump is a very powerful technique for the study of the denaturation process of proteins. However, probing the secondary structure is a difficult challenge and rarely yields quantitative values. The main purpose of this PhD project is to develop a technical implementation of far-UV circular dichroism in a nanosecond T-jump experiment. Our CD/T-jump experiment allows us to follow quantitatively the change in the helical fraction of a poly(glutamic acid) peptide during its thermal denaturation with 12 ns time resolution.