Diversité phénotypique et génotypique de salmonelles isolées au Cambodge à partir d’échantillons biologiques alimentaires ou humains

Phenotypic and genotypic diversity of salmonella isolated in Cambodia from food or human biological specimens

• Auteur / Autrice : Sun Lay Kruy
• Direction : Jean-Louis Koeck
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences, technologie, santé. Génétique
• Date : Soutenance le 23/02/2011
• Etablissement(s) : Bordeaux 2
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Bordeaux)
• Jury : Président / Présidente : Hervé Fleury
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Pascal Millet, Hélène Van Cuyck
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Maria Urdaci, René Migliani

Mots clés

Mots clés contrôlés

Génotype

Phénotype

Cambodge

Salmonelles

Mots clés libres

MLVA

VNTR

Salmonelles

Échantillons biologiques humains

Échantillons biologiques alimentaires cuits et crus

Complexe clonal

MLVA

VNTR

Salmonella

Human and food biological samples

Clonal complex

Résumé

Salmonella (S.) enterica est reconnue comme le principal agent causal de la salmonellose chez l’homme et les animaux. La distribution épidémiologique de cette infection implique souvent des régions géographiques éloignées; il est ainsi nécessaire de posséder des méthodes fiables afin de pouvoir discriminer des souches responsables d’une épidémie. En raison des limites de la méthode de typage sérologique, de nombreuses méthodes de génotypage moléculaire ont été développées. En particulier, la méthode par PCR couplée à l’électrophorèse en champ pulsé, qui est utilisée pour la séparation et la caractérisation des molécules d’ADN, et le génotypage par analyse de répétition en tandem polymorphe ou MLVA (Multiple-Locus VNTR Analysis), sont des méthodes modernes qui permettent d’étudier le polymorphisme et la diversité génétique des souches de S. enterica liées à une épidémie. Dans notre étude, onze marqueurs contenant des régions de répétitions en tandem polymorphique (VNTR : Variable Number Tandem Repeats) sélectionnés à partir du génome de S. enterica Typhimurium LT2 ont été utilisés pour évaluer la diversité génétique de 206 souches de S. enterica sélectionnées entre 2001 et 2007. Ces salmonelles sont représentées par 31 sérotypes, ont été isolées à partir de trois sources: hommes, aliments cuits et crus. Chaque souche a été isolée à partir d’échantillon unique et n’était liée à aucun épisode d’intoxication alimentaire ou à une épidémie de salmonellose connue. La technique MLVA a permis de sous typer 107 génotypes regroupés dans un dendrogramme en deux branches distintes dont la première et constituée par Salmonella Typhi et la deuxième par les 30 autres sérotypes liés entre eux par un ancêtre commun. Parmi les sérotypes, quatre ont été répartis dans deux à cinq branches phylogénétiques. La représentation de la variation allélique des sérotypes de S. enterica a utilisé l’arbre minimum couvrant sans racine. Des variations alléliques pour des sérotypes de S. enterica précédemment ou nouvellement décrits ont été identifiées et des variants génétiques ont été répartis en types ou en variants MLVA à loci uniques, en variants différents par un locus (SLVs), en variants différant par deux loci (DLVs) et des variants différant par plus de deux loci. Quatre marqueurs (STTR3, STTR5, STTR8 et Sal20) ont présenté un indice de diversité élevé (DI> 0,80). En résumé, la technique MLVA peut être appliquée pour étudier le profil génétique de S. enterica avec une grande diversité de sérotypes.

Epidemiological distribution of this infection often involves large areas of geographically distant, and reliable methods to discriminate strains responsible for an epidemic are necessary. Due to limitations of serological typing method, many molecular genotyping methods have been developed. Some molecular methods and their applications are: PCR coupled to PFGE, which is used for the separation and characterization of molecular profiles, and MLVA (Multiple-Locus VNTR Analysis) genotyping, or so called analysis of polymorphic tandem repeats are modern methods that allow study of the polymorphic genetic diversity and discrimination of Salmonella strains related or unrelated to epidemics. In our study, 11 markers containing polymorphic tandem repeats (VNTR: Variable Number Tandem Repeats) selected from the genome of S. enterica Typhimurium LT2 were used to assess the genetic diversity of 206 strains of S. enterica selected in 2001-2007 period. These are represented by 31 Salmonella serotypes selected from three sources: human, food and animals. Each strain was isolated from a single sample and was not related to an episode of epidemic of salmonellosis. The technique MLVA has allowed subtyping of 107 genotypes grouped in a dendrogram into two distinct dispersion trees, the first for serotype Typhi and the second for the other 30 serotypes devided within two subgroups derived from a common ancestor. Four serotypes were dispersed in two to five phylogenetic branches. The representation of the allelic variation of serotypes of S. enterica used a minimum spanning tree. Allelic variations in the serotypes of S. enterica, previously or newly described, were identified and genetic variants were distributed in MLVA types in unique locus variants, in single locus variants or in variants different by a locus (SLVs), in variants different by two loci (DLVs) and in different variants by more than two loci. Four markers (STTR3, STTR5, STTR8, and Sal20) have shown a high Diversity Index (DI> 0.80). In summary, MLVA can be applied to study the genetic profile of S. enterica with a wide variety of serotypes.