La transcriptomique au service d'une médecine personnalisée : caractérisation physiopathologique et prédiction de réponse thérapeutique. Cas de l'infection par le virus de l'hépatite C et de la polyarthrite rhumatoïde

• Auteur / Autrice : Claire Camus
• Direction : Catherine Nguyen
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie, Spécialité Génomique et Bioinformatique
• Date : Soutenance le 15/09/2011
• Etablissement(s) : Aix-Marseille 2
• Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
• Jury : Président / Présidente : Daniel Olive
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Catherine Nguyen, Daniel Olive, Tarik Asselah, Jean Dubuisson, Philippe Halfon
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Tarik Asselah, Jean Dubuisson

Mots clés

Mots clés contrôlés

Physiopathologie

Filtres à ADN

Transcriptome

Mots clés libres

Transcriptomique et puce à ADN

Résistance thérapeutique

Physiopathologie

Réseaux moléculaires fonctionnels

Infection par le Virus de l'Hépatite C

Transcriptomics and microarrays

Therapeutic resistance

Pathophysiology

Functional molecular networks

Hepatite C Virus infection

Résumé

L'identification de biomarqueurs et de nouvelles cibles thérapeutiques constitue un enjeu majeur de la recherche biomédicale visant au développement de la médecine personnalisée. L'objectif de cette thèse est d'étudier, à l'aide de puces à ADN, les modulations transcriptionnelles associées à la pathogénèse et à la réponse thérapeutique dans le cas de deux pathologies: l'infection par le Virus de l'Hépatite C (VHC) et la Polyarthrite Rhumatoïde (PR).Des biomarqueurs prédictifs de la réponse au traitement standard interféron ont été identifiés grâce à un modèle cellulaire ex vivo. Par ailleurs, l'analyse de données d'expression de deux modèles d'infection par le VHC (réplicon et infectieux) a permis de mettre en évidence les modulations transcriptionnelles résultant de l'activité antivirale de la chloroquine, une alternative potentielle anti-VHC. Dans le cas de la PR, nous avons identifié des biomarqueurs dont l'expression est corrélée au succès thérapeutique de l'anti-TNF Enbrel.

The identification of biomarkers and new therapeutic targets is a major challenge of biomedical research for the development of personalized medicine. The objective of this thesis is to study, using DNA microarrays, transcriptional modulations associated with the pathogenesis and therapeutic response in the case of two diseases: infection with Hepatitis C Virus (HCV) and Rheumatoid Arthritis (RA).Predictive biomarkers of response to standard interferon treatment were identified using an ex vivo cell model. Furthermore, analysis of expression data of two models of infection with HCV (replicon and infectious) has highlighted the transcriptional modulations resulting from the antiviral activity of chloroquine, a potential anti-HCV alternative. In the case of RA, we have identified biomarkers whose expression correlates with the therapeutic success of Enbrel anti-TNF drug.