Etude de communautés bactériennes impliquées dans la dégradation des hydrocarbures en conditions d’oscillations contrôlées:oxie/anoxie
Auteur / Autrice : | Isabelle Vitte |
Direction : | Pierre Caumette |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Microbiologie |
Date : | Soutenance en 2010 |
Etablissement(s) : | Pau |
Mots clés
Résumé
Les oscillations oxie/anoxie sont largement répandues dans les environnements aquatiques, notamment dans les interfaces eau/sédiment. Les hydrocarbures, constituant les polluants organiques les plus répandus, peuvent être retrouvés dans ces systèmes fonctionnels particuliers. Les microorganismes jouent un rôle fondamental dans la dégradation des hydrocarbures et l’étude de leur comportement dans ces systèmes est indispensable afin de comprendre le devenir des hydrocarbures dans les environnements naturels. Ce travail de thèse a pour objectif d’une part, de comprendre le devenir des hydrocarbures et des communautés bactériennes autochtones d’une boue soumise à une contamination chronique, dans les conditions particulières d’oscillations oxie/anoxie et d’autre part, de démontrer les capacités de biodégradation de ces communautés en anaérobiose. Dans un premier temps, des incubations d’une boue contaminée chroniquement par des hydrocarbures aromatiques polycycliques ont été réalisées en réacteurs. Par des approches moléculaires au niveau génomique et transcriptionnel, en ciblant le gène ARNr 16S et le gène codant pour les dioxygénases, des corrélations entre la dynamique des communautés bactériennes et les cinétiques de biodégradation des hydrocarbures ont pu être démontrées. Ces travaux ont pu mettre en évidence une première perturbation de la structure des communautés après l’ajout d’oxygène associée à une accélération de la dégradation des hydrocarbures, résultats appuyés par la présence continue des transcrits du gène codant pour les HAP dioxygénases. Cette perturbation est suivie par une succession des populations bactériennes au cours du temps corrélée à une utilisation successive des substrats. Dans un deuxième temps, par des approches culturales, la capacité de biodégradation de ces communautés a été démontrée en anaérobiose sur un alcane à longue chaine, le dotriacontane, inconnu à ce jour pour être dégradé en absence d’oxygène.