Etude des spécificités phylogénétiques et fonctionnelles du microbiote intestinal de patients atteints de la maladie de Crohn

par Stanislas Mondot

Thèse de doctorat en Microbiologie

Sous la direction de Marion Leclerc.

Soutenue en 2010

à Paris 11 , en partenariat avec Université de Paris-Sud. Faculté de pharmacie (Châtenay-Malabry, Hauts-de-Seine) (autre partenaire) .

mots clés

• Phylogénie
• Maladie de Crohn

Résumé

La maladie de Crohn (MC) est une maladie inflammatoire chronique de l'intestin d'étiologie mal caractérisée. A ce jour, plusieurs travaux incriminent le microbiote intestinal dans l'initiation et/ou l'entretien de l'état inflammatoire de la maladie. Au niveau phylogénétique, nous avons mis en évidence ou confirmer, que des espèces bactériennes étaient particulièrement associées au statut sain (R. Bromii, O. Valericigenes, B. Et E. Rectale) alors que d'autres étaient spécifiques de la MC (E. Faecium, E. Faecalis et E. Coli). Au niveau fonctionnel, l'analyse des capacités génétiques (métagénomique) et des fonctions exprimés (métatranscriptomique) par les bactéries associées aux compartiments luminal et mucosal de l'intestin dans le contexte de la MC, nous a permis de mettre en évidence : une distribution similaire des genres bactériens entre compartiments luminal et mucosal ; des voies biologiques spécifiquement associées à chacun des compartiments , un faible recouvrement entre les données de métatranscriptomique et de métagénomique.

Titre traduit

Phylogenetic and functional spécificities associated with Crohn's disease microbiote

Résumé

Crohn's disease is inflammatory bowel disease with a mischaracterized aetiology. Nowadays, many publications point out the intestinal microbiota as a required precursor for the initiation and the perpetuation of the inflammation throughout the gastrointestinal tract. From phylogenetic studies, our results showed that some species were associated with the healthy status (R. Bromii, O. Valericigenes, B. Bifidum and E. Rectale) when others were associated with the disease (E. Faecium, E. Faecalis and E. Coli). From functional studies, analysis of the luminal and mucosal microbiota genetic capabilities by metagenomic and metatranscriptomic has enabled us to show : a great similary in the phylogenentic distribution of bacterial genus between the luminal and the mucosal compartments ; many biological pathways differntially represented between the two compartment ; a low overlap between the metatranscriptomic data and metagenomic data.