Détection phénotypique et moléculaire des colonisations bronchiques périopératoires en chirurgie thoracique oncologique

Phenotypic and molecular detection of periopeartive airways colonizations in patients submitted for thoracic oncologic surgery

• Auteur / Autrice : Xavier Benoît D'Journo
• Direction : Jean-Marc Rolain, Pascal Alexandre Thomas
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Pathologie humaine
• Date : Soutenance le 13/12/2010
• Etablissement(s) : Aix-Marseille 2
• Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales émergentes (Marseille)
• Jury : Président / Présidente : Jean-Louis Mège
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Jean-Marc Rolain, Pascal Alexandre Thomas, Jean-Louis Mège, Jean-François Regnard, Max Maurin, Gilbert Massard
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Jean-François Regnard, Max Maurin

Mots clés

Mots clés contrôlés

Chirurgie thoracique (spécialité)

Syndrome de détresse respiratoire de l'adulte

Tumeurs du poumon

Complications chirurgicales

Infections nosocomiales

Bronchoscopie

Biologie moléculaire

Cancer

Oesophage

Poumon -- Cancer

Mots clés libres

Cancer du poumon

Cancer de l'oesophage

Pneumopathie nosocomiale

Sdra

Bronchoscopie

Colonisations

Complications respiratoires

Biologie moléculaire

Lung cancer

Esophageal cancer

Nosocomial pneumonia

Acute respiratory

Distress syndrome

Airways colonization

Respiratory complications

Molecular biology

Résumé

Les complications respiratoires restent la première cause des complications postopératoiresen chirurgie thoracique oncologique. Le développement des ces complications sont le plussouvent de nature infectieuse. Leur fréquence reste élevée (30 %) et représente la premièrecause de mortalité hospitalière. Des données récentes suggèrent que ces complicationsrespiratoires soient liées à une colonisation périopératoire des voies aériennes. Plusieurstravaux fondés sur l’analyse phénotypique de mise en culture traditionnelle démontrentl’existence d’une colonisation bronchique proximale chez près de 40 % des malades.Néanmoins, les liens entre colonisation et complications respiratoires restent controversés.Une des principales limites demeure les méthodes de cultures employées qui ne permettentl’identification que d’une faible partie (< 1%) des espèces microbiologiques potentiellementexistantes dans la biosphère. Nous avons formulé l’hypothèse que des techniques debiologie moléculaire d’amplification universelle des ADN présents dans les échantillonssuivies du clonage des produits de PCR et du séquençage de ces clones, appliquées à deséchantillons obtenus des bronches distales et de biopsies pulmonaires, permettraientl’identification de pathogènes bactériens, viraux ou émergents. Nos résultats suggèrent quel’identification précise et exhaustive de ces colonisations ne peut être réalisée que par uneapproche moléculaire moderne, innovante et systématique. Cette approche permetd’envisager, d’une part, un lien plus précis entre colonisation et complications respiratoires etd’autre part, l’identification de pathogènes difficilement cultivables ou émergents.

Postoperative respiratory complications remain the most frequent and seriouscomplications, as well as being the primary cause of hospital death after thoracic oncologicsurgery. Their incidence is relatively high and concern near 30 % of patients submitted forsurgery. These complications are notoriously infectious and airways colonizations (AWC)have been suggested to be an essential first step in the pathogenesis of this respiratorymorbidity. Previous studies have documented that AWC are presents in near 40 % of cases.However, correlation between AWC and respiratory complications remains controversial.One of the limits is the traditional phenotypic methods of cultures that precludes for definitiveconclusions when considering that majority of microbiological species required modern andinnovating techniques of culture to be identified. Recent data have demonstrated that 99% oforganisms seen microscopically are not cultivated by routine techniques and requiredmolecular techniques to be identified. We have postulated that instead of culture test,molecular detection (DNA genes amplification and sequencing of the bacterial 16S ribosomalRNA) applied to distal bronchial samples or to lung biopsies, should allow identifyingbacteria, virus or emerging pathogens. Our results suggest that molecular cultureindependenttechniques applied in the context of AWC will provide in the future a greatopportunity to precise correlation between colonization and respiratory complications and tothe other hand, to discover new and/or emerging pathogens that are currently unknown.