Auteur / Autrice : | Aleksandr Barinov |
Direction : | Emmanuelle Maguin, Maarten Van De Guchte, Philippe Langella |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Sciences biologiques |
Date : | Soutenance en 2009 |
Etablissement(s) : | Paris 11 |
Partenaire(s) de recherche : | autre partenaire : Université de Paris-Sud. Faculté des sciences d'Orsay (Essonne) |
Mots clés
Résumé
Les interactions bactéries-hôte constituent un domaine de recherche en pleine expansion. Pendant longtemps, les efforts se sont portés sur les interactions bactéries pathogènes-hôte mais depuis peu, il y a un intérêt grandissant pour le rôle bénéfique joué par les bactéries non-pathogènes dans le tractus digestif. Des études de plus en plus nombreuses décrivent le rôle des bactéries commensales sur la balance énergétique de l’hôte, les réponses immunitaires et l’homéostasie intestinale selon des mécanismes non encore élucidés. Les objectifs de ces travaux de thèse étaient de mieux comprendre ces interactions bactéries commensales avec l’hôte en se basant sur des analyses in silico des donnée issues de programmes de séquençage. Nous avons démontré comment ce type d’analyse pouvait s’appliquer à la détermination des mécanismes moléculaires impliqués dans les interactions microbiote-hôte. Les principaux résultats de ces travaux peuvent être classés en trois parties. La première concerne le développement et la validation de SurfG+, un nouvel outil d’analyse de séquences de protéines pour prédire les protéines potentiellement exposées à la surface de bactéries à Gram positif. La deuxième partie de résultats décrit l’application de l’outil SurfG+ aux protéomes de lactobacilles dont les génomes sont séquencés. Nous avons ainsi mis en évidence des différences significatives au niveau de leurs protéines de surface notamment en terme de nombre de protéines sécrétées et ancrées à la paroi. Enfin, dans la troisième partie, nous avons montré comment ces outils d’analyse in silico peuvent être exploités dans l’analyse fonctionnelle des protéines. Dans cette partie, nous étudions les effets immuno-modulateurs potentiels de protéines de surface de Lactobacillus delbrueckii subsp. Bulgaricus ATCC 11842.