Quantification des signaux fluorescents dans les images de biopuces

Quantification of fluorescent signals in microarrays images

• Auteur / Autrice : Thomas Tang
• Direction : Hervé Delacroix, Marie-Hélène Mucchielli-Giorgi
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Bio-informatique
• Date : Soutenance en 2009
• Etablissement(s) : Paris 6

Mots clés

Mots clés libres

Biopuces

Images

Acquisition

Recalage

Segmentation

Homogénéité

Rapport signal sur bruit

Facteurs de qualité

Résumé

L’objectif de cette thèse est l’étude de la quantification des signaux de fluorescence issus de biopuces (puces à ADN et à protéines), afin d’améliorer la qualité des données brutes obtenues lors des étapes d’acquisition et d’analyse d’images. La première partie de cette thèse concerne l’étude des systèmes d’acquisition disponibles afin d’en optimiser les différents paramètres d’utilisation. La seconde partie concerne l’élaboration d’une nouvelle stratégie d’analyse d’images visant à améliorer les mesures d’intensité associées aux spots. La combinaison de différents algorithmes de segmentation associée à la mise en place de critères de qualité a ainsi permis de minimiser la variance des intensités, ainsi que celle des ratios d’intensités, au sein de chaque spot. Lee résultats obtenus montrent que ces améliorations ont un effet notable sur l’analyse différentielle en permettant une meilleure discrimination des gènes différentiellement exprimés. Ces analyses ont été menées sur une large variété d’images de biopuces issues des différents projets réalisés sur la plateforme Puces-à-ADN Gif/Orsay (GODMAP).