Thèse soutenue

Développements bioinformatiques en protéomique : applications aux identifications de modifications post-traductionnelles et à l'étude de la structure tridimensionnelle des protéines
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Auteur / Autrice : Michaël Heymann
Direction : Gilbert Deléage
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences. Bioinformatique
Date : Soutenance en 2009
Etablissement(s) : Lyon 1
Partenaire(s) de recherche : autre partenaire : École Doctorale Interdisciplinaire Sciences-Santé (Villeurbanne ; 1995-....)

Mots clés

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Mots clés contrôlés

Résumé

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Les protéines sont les molécules fonctionnelles du Vivant: elles sont au centre de processus biologiques fondamentaux. Elles représentent donc des cibles thérapeutiques de choix. La compréhension des mécanismes sous-jacents à leur fonction passe par leur étude structurale. Pour ce faire, des méthodes expérimentales existent (RMN, diffraction des rayons X), donnant de très bons résultats, mais sont cependant peu adaptées aux rythmes imposés par les nouveaux standards « haut débit » en génomique. Ainsi, de nombreuses stratégies bioinformatiques ont été développées afin de parvenir à modéliser la structure tridimensionnelle des protéines. Cependant, ces méthodes ont toutes des lacunes dans le sens où il est actuellement toujours impossible de pouvoir modéliser avec précision la structure de l'ensemble des protéines dont les séquences sont connues. Parallèlement, il a été démontré qu'en l'associant à des techniques de réticulations chimiques, la spectrométrie de masse pouvait apporter des informations structurales sur les protéines. Cette thèse représente la partie bioinformatique d'un travail effectué en étroite collaboration avec des chimistes, et des massistes, visant à développer de nouvelles stratégies basées sur la technique des réticulations chimiques. D'une part, un nouvel outil informatique a été créé afin de pouvoir facilement analyser des données de masse obtenues à partir de protéines chimiquement réticulées. L'originalité de cet outil est de pouvoir tirer parti de données structurales, préalablement obtenues par de la modélisation moléculaire par exemple, apportant ainsi une validation expérimentale d'un modèle théorique. D'autres part, nous avons exploré une approche permettant de déterminer les repliements protéiques qui seraient compatibles avec les contraintes de distances obtenues par réticulation chimique, ce qui pourrait avantageusement servir les méthodes de modélisation existantes