Studies of organometallic and biological systems by hybrid quantum mechanics/molecular mechanics methods

• Auteur / Autrice : Marius Retegan
• Direction : Anne Milet, Hélène Jamet
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Chimie physique, moléculaire et structurale
• Date : Soutenance en 2009
• Etablissement(s) : Grenoble 1

Mots clés

Mots clés contrôlés

Composés organométalliques

Théorie quantique

Résumé

Ces dernières années, les méthodes hybrides QM/MM combinant la mécanique quantique (QM) et la mécanique moléculaire (MM) se sont revélées des méthodes de choix pour l'étude de systèmes chimiques et biochimiques contenant plus d'une centaine d'atomes. Nous avons mis en évidence les apports et difficultés liés à leur utilisation à travers des systèmes variés: modélisation de ligands phosphines, réactivité d'une protéine de type acide phosphatase pourpre, modélisation de l'interaction protéine-ligand.

In the recent years the hybrid QM/MM methods, which combine the quantum mechanics (QM) with molecular mechanics (MM), have emerged as a promising route for studying complex biological and chemical systems containing more than a few hundreds atoms. In the present manuscript we showed their advantages and shortcomings in studying various problems, ragging from the modelization of phosphine ligands, enzymatic reactivity of the purple acid phosphatase and the modelization of protein-ligand interaction between the casein kinase 2 protein and its inhibitors.