Etude des virus entériques dans l'environnement et la population du Caire entre 2006 et 2007

par Aziza Hassan Waguih Ali Kamel

Thèse de doctorat en Médecine. Virologie

Sous la direction de Pierre Pothier et de Gaël Belliot.

Soutenue en 2009

à Dijon .

mots clés

• Entérite virale
• Gastroentérite
• Rotavirus

Résumé

Les gastro-entérites virales touchent annuellement des millions de personnes dans le monde. Il y a peu d’informations sur l’épidémiologie des virus entériques circulant dans certains pays du Moyen-Orient, en particulier en Egypte. L’objectif de nos travaux a été de déterminer la prévalence des virus entériques dans la population cairote et son environnement. Dans la première partie, nous avons mené une étude épidémiologique des virus entériques des gastro-entérites en pédiatrie. La moitié des échantillons recueillis a été positive pour au moins un virus. Au cours de cette étude nous avons détecté et caractérisé des virus entériques majeurs responsables de gastro-entérites, notamment rotavirus et norovirus, dans respectivement 60 et 20% des cas positifs. Cette étude nous a également donné l’opportunité de faire une analyse phylogénétique plus approfondie des souches de norovirus GGII. 4 détectées au cours de l’étude. Nous avons ainsi mis en évidence l’émergence d’un nouveau variant, « Le Caire », des norovirus GGII. 4 en Egypte et également en France depuis 2006. Dans une deuxième partie, nous avons étudié la circulation des virus entériques en amont et en aval de deux stations d’épuration. Le diagnostic moléculaire a permis de détecter du rotavirus (N=6) similaire à ceux trouvés dans la population. Pour les norovirus, la majorité des virus détectés était de génogroupe I (N=11) et deux isolats de génogroupe II. Cette étude a permis de mettre en évidence la circulation de ces virus entre la population et l’environnement. Enfin, la dernière partie de notre travail portait sur les virus des hépatites A et E (VHA et VHE) dans la population et l’environnement. Les problèmes importants que posent les virus hépatiques dans la population égyptienne et le manque d’information épidémiologique sur le sujet ont motivé notre étude. L’analyse de 50 selles de patients souffrant d’hépatite a permis d’incriminer le VHA de génotype IB dans 70% des cas et un VHE de génotype 3 pour un patient. Nous avons également détecté le VHA de génotype IB en amont et en aval des deux stations d’épurations. Cette étude nous a permis d’établir le lien entre les virus détectés dans la population et dans les eaux usées.

Titre traduit

Enteric viruses in the environment and the population of the conurbation of Cairo between 2006 and 2007

Résumé

Viral gastroenteritis is a major cause of morbidity and mortality worldwide. There is little information about enteric viruses in the Middle East. Our work aimed to study enteric viruses in the population and the environment of the conurbation of Cairo. First, we conducted an epidemiological study of enteric viruses in a paediatric population. The aim of this work was to study the prevalence and diversity of different enteric viruses (e. G. Rotavirus, norovirus, adenovirus and astrovirus) that are causative agents for gastroenteritis. Half of the specimens were positive for at least one enteric virus. Among the positive stool specimens, rotaviruses and noroviruses accounted for 60 and 20% of the cases, respectively. We also conducted a phylogenetic analysis of the GGII. 4 noroviruses isolated from Egypt and France since 2006, and we clearly showed the emergence of a new GGII. 4 variant, namely the Cairo variant. Finally, our data suggested that similar strains are circulating in Egypt and France. In the second part of the thesis work, we conducted an analysis of sewage collected from two waste water treatment plants of Cairo. Molecular detection of enteric viruses suggested the presence of rotavirus genotype (N=6), similar to those that we described during the epidemiological survey. For the norovirus, we mostly detected GGI norovirus (N=11) and only two GGII norovirus. Our genetic analysis clearly showed the circulation of some of these norovirus strains in the population and the environment. In the final part of our work, we performed an epidemiological analysis of the hepatitis A (HAV) and E viruses (HEV) among 50 patients who were hospitalized for hepatitis. Hepatitis A virus and HEV accounted for 70% and 2% of the cases, respectively. After molecular detection of the viruses, the genotyping indicated that HAV and HEV belonged to genogroups 1B and 3, respectively. We also investigated the presence of the viruses in raw and treated sewage. Our data indicated that HAV was present upstream and downstream from the WWTPs, and belonged to the 1B genogroup, suggesting HAV was circulating in the population and the environment. In conclusion, our data give new insights about important enteric viruses in Egypt. Our results emphasize the need to assess the disease burden of these important pathogens.