Thèse soutenue

Caractéristiques génétiques d'un pathogène d'amibe : Legionella Drancourtii
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Auteur / Autrice : Claire Moliner
Direction : Pierre-Edouard Fournier
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Pathologie humaine. Maladies transmissibles et pathologies tropicales
Date : Soutenance en 2009
Etablissement(s) : Aix-Marseille 2

Résumé

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Les amibes sont des phagocytes sauvages se nourrissant de particules présentes dans leur environnement, dont des virus et des bactéries. Certains de ces microorganismes, pathogènes potentiels, se sont adaptés pour résister à cette phagocytose et parfois à la vie intra-amibienne. Contrairement aux autres pathogènes intracellulaires, les microorganismes intra-amibiens ne sont pas spécialisés et vivent dans un milieu polymicrobien. Pour étudier l’impact de leur mode de vie sur leur génome, nous avons entrepris le séquençage d’un nouveau pathogène d’amibe, Legionella drancourtii. La taille conséquente de son génome, 4,06 Mb, plus grande que celle des autres membres du genre Legionella, est une caractéristique retrouvée chez tous les intra-amibiens, suggérant que la théorie de l’évolution réductive des bactéries intracellulaires ne s’applique pas à ces microorganismes. De plus, L. Drancourtii a acquis de nombreux gènes de microorganismes intra-amibiens ou de bactéries de l’eau, ce qui a augmenté la taille de son génome. Ce taux élevé de transfert latéral de gènes est retrouvé chez tous les intra-amibiens, suggérant que l’amibe est un lieu d’échange génique. Nous avons démontré que ces amibes jouaient également un rôle direct dans ces transferts géniques. Des systèmes importants pour le transfert de gène et la pathogénicité ont ainsi pu être acquis, tels que le système de sécrétion de type IV et des séquences répétées comme les «ankyrin repeats». Toutes ces caractéristiques suggèrent que les amibes sont un «melting pot» de gènes que les microorganismes intra-amibiens utilisent pour s’adapter, par une même voie évolutive, à leur biotope ou créer de nouveaux pathogènes. Du fait de cette adaptation, les amibes constituent pour les bactéries pathogènes qu’elles hébergent un vecteur de transmission, notamment pour les Legionella. Ces bactéries provoquant chez l’homme des pathologies sévères pouvant causer la mort, nous avons développé une base de données de profils protéiques des différentes espèces pathogènes reconnues qui permet d’établir une identification rapide et fiable des isolats cliniques par spectrométrie de masse.