An integrated systematic approach for storage, analysis and visualization of gene expression data from neuronal tissues acquired through high-throughput techniques

par Ravi Kiran Reddy Kalathur

Thèse de doctorat en Bioinformatique

Sous la direction de Olivier Poch.

Soutenue en 2008

à l'Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008) .

mots clés

• Expression génique
• Analyse des données
• Bases de données -- Gestion
• Transcription génétique

Titre traduit

Approche systématique et intégrative pour le stockage, l'analyse et la visualisation des données d'expression génique acquises par des techniques à haut débit, dans les tissus neuronaux

Résumé

The work presented in this manuscript concerns different aspects of gene expression data analysis, encompassing statistical methods and storage and visualization systems used to exploit and mine pertinent information from large volumes of data. Overall, I had the opportunity during my thesis to work on these various aspects firstly, by contributing to the tests through the design of biological applications for new clustering and meta-analysis approaches developed in our laboratory and secondly, by the development of RETINOBASE (http://alnitak. U-strasbg. Fr/RetinoBase/. ) , a relational database for storage and efficient querying of transcriptomic data which represents my major project.

Résumé

Le travail présenté dans ce manuscrit concerne différents aspects de l'analyse des données d'expression de gènes, qui englobe l'utilisation de méthodes statistiques et de systèmes de stockage et de visualisation, pour exploiter et extraire des informations pertinentes à partir de grands volumes de données. Durant ma thèse j'ai eu l'opportunité de travailler sur ces différents aspects, en contribuant en premier lieu aux tests de nouvelles approches de classification et de méta-analyses à travers la conception d'applications biologiques, puis dans le développement de RETINOBASE (http://alnitak. U-strasbg. Fr/RetinoBase/), une base de données relationnelle qui permet le stockage et l'interrogation performante de données de transcriptomique et qui représente la partie majeure de mon travail.