Etude de la dynamique des répétitions dans les génomes eucaryotes : de leur formation à leur élimination

par Anna-Sophie Fiston-Lavier

Thèse de doctorat en Bioinformatique et génomique

Sous la direction de Hadi Quesneville.

Soutenue en 2008

à Paris 6 .

mots clés

• Eléments transposables
• Duplications segmentaires
• Satellites
• Cassures double-brin d’ADN
• Recombinaison ectopique
• Recombinaison ectopique
• Chromatine

Résumé

Malgré l’impact des répétitions sur la plasticité et l’évolution des génomes eucaryotes, leurs mécanismes de formation sont encore très spéculatifs. L’insertion continue de nouvelles copies devrait conduire à une augmentation constante de la taille des génomes. Or, ce n’est pas le cas. Afin d’étudier la dynamique des répétitions, j’ai développé un ensemble de programmes informatiques pour la détection des duplications segmentaires et des répétitions en tandem. J’ai ensuite proposé un modèle de formation des duplications segmentaires chez Drosophila melanogaster, basé sur un modèle de recombinaison homologue non-allélique et montré l’implication des éléments transposables dans ce processus. Afin de caractériser la relation existante entre les répétitions et la structure de la chromatine, j’ai ensuite réalisé une analyse comparative de la dynamique des répétitions euchromatiques et hétérochromatiques chez Arabidopsis thaliana. Nos résultats suggèrent un turnover aussi rapide dans l’euchromatine que dans l’hétérochromatine avec des forces d’élimination prédominantes différentes dans chacun des domaines chromatiniens.

Titre traduit

Repeat dynamics in eukaryotic genomes : from their formation to their elimination

Pas de résumé disponible.