Development of a method which predicts N-terminal target peptides and study of protein sorting in eukaryote genomes

• Auteur / Autrice : Bernhard Gschloessl
• Direction : J. Mark Cock
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Bio-informatique
• Date : Soutenance en 2008
• Etablissement(s) : Paris 6

Mots clés

Mots clés libres

Adressage des protéines

Localisation subcellulaire

Endosymbiose secondaire

Hétérokontes

Bi-peptide

Recherche de motif

Machine à vecteur support

Méthode d'ensemble

Multicellularité

Résumé

Chez les eucaryotes, la plupart des protéines sont transférées aux organelles par de nombreux signaux d'adressage. Les plastes, acquis par endosymbiose secondaire, possèdent des structures très complexes avec plus de deux membranes. Nous avons développé la méthode HECTAR qui prend en considération l'adressage complexe au plaste des hétérokontes par une approche hiérarchique avec plusieurs modules. Dans chaque module des méthodes de prédiction dédiées à la détection d'un signal d'adressage spécifique sont combinées par une machine à vecteur support. La localisation subcellulaire a été analysée pour des génomes des 37 organismes de quatre groupes d’eucaryotes. Les espèces multicellulaires chez les plantes et les champignons semblent avoir une plus grande quantité de protéines de chemin de sécrétion que les organismes unicellulaires dans les groupes correspondants. La proportion de protéines secrétées chez les métazoaires est la plus haute