Signature de l’adaptation des protéines à l’environnement des fonds marins chauds : le cas du Facteur d’Initiation 6 étudié par simulation moléculaire et diffusion de neutrons.
par Paolo Calligari
Thèse de doctorat en Interfaces de la chimie, de la physique et de l'informatique avec la biologie
Sous la direction de Gerald Reinhard Kneller.
Soutenue en 2008
à Paris 6 .
- Facteur d’Initiation 6 [IF6]
- Dynamique moléculaire
- Diffusion de neutrons
- Modèle Brownien fractionnaire
- Fonds marins chauds
- Structure secondaire des protéines
- Pression
mots clés
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Résumé
Le Facteur d’Initiation 6 (IF6) est une protéine qui participe, dans plusieurs organismes, à larégulation de la synthèse des autres protéines. Elle a été trouvée aussi dans l’archaebactérie Methanoccoccus Jannascii qui vit au fond de la mer, près des cheminées hydrothermales, où la température atteint 80◦ C et la pression hydrostatique est entre 250 et 500bar. L’objectif de ce travail a été celui d’étudier pour la première fois les propriétés dynamiques et structurales de la IF6 issue du M. Jannaschii en comparaison avec celles de son homologue présent dans le Saccaromyces cerevisiae qui vit dans des conditions environnementales "normales" (27◦ C et 1bar). La simulation moléculaire nous a permit de montrer que l’adaptation de ces deux protéines aux conditions physiologiques induit des propriétés dynamiques et structurales similaires : dans leur conditions "naturelles" respectives les deux protéines montrent des fluctuations structurales très similaires et les temps caractéristiques qui identifient leur propriétés dynamiques subissent les mêmes changements dans la transition d’une condition défavorable vers la condition physiologique. Cette création d’ "états correspondants" entre les deux protéines a été étudiée par le modèle de dy- namique Brownienne fractionnaire et par une nouvelle méthode pour la caractérisation des structures secondaires des protéines. Cette dernière est présentée en détail avec des brefs exemples d’autres applications. Les données préliminaires obtenues par diffusion de neutrons semblent confirmer les résultats issues des simulations moléculaires
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Titre traduit
Signature of protein adaptation to warm deep sea environments : the case of Initiation Factor 6 studied by molecular simulation and neutron scattering
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Pas de résumé disponible.
Autre version
Cette thèse a donné lieu à une publication en 2009 par [CCSD] à Villeurbanne
Signature de l’adaptation des protéines à l’environnement des fonds marins chauds : le cas du Facteur d’Initiation 6 étudié par simulation moléculaire et diffusion de neutrons.
