NUDIAbase : une application dédiée à l’analyse des mécanismes transcriptionnels des nutriments et des hormones chez l’homme

NUDIAbase : a bioinformatic tool dedicated to the transcriptional effects of nutrients and hormones on gene expression in human muscle and adipose tissu

• Auteur / Autrice : Angélique Michaut
• Direction : Martine Laville
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Informatique
• Date : Soutenance en 2008
• Etablissement(s) : Lyon 1

Résumé

L’utilisation de la technologie des puces ADN permet de mesurer simultanément le niveau d'expression de plusieurs milliers de gènes dans une cellule ou un tissu à un moment donné ; ce qui génère des quantités de données dont les chercheurs veulent retirer un maximum d’informations. Mon travail de thèse, en tant que bioinformaticienne, a consisté à gérer les listes d’expression de gènes et surtout, à partir de ces données, de tenter d’identifier les facteurs de transcription qui pourraient médier les effets des nutriments et des hormones sur l’expression génique dans le muscle et le tissu adipeux chez l’homme. J’ai donc dans un premier temps conçue et implémenté une base de données : NUDIAbase où sont intégrées des données et des résultats biologiques. Ensuite j’ai développé un outil statistique pour comparer les pourcentages de reconnaissance des facteurs de transcription dans les séquences promotrices enter groupes de gènes, afin de déterminer si certains sites de fixation sont significativement sur-représentés dans le set de promoteurs correspondant aux gènes dont l’expression varie lors de l’hyperglycémie

The use of microarray makes it possible to simultaneously measure the level of expression of several thousands of genes in a cell or a tissu at a given time. This generates large quantities of data from which the researchers want to withdraw a maximum of information. My PhD work, as a bioinformatician, consisted in managing the lists of gene expression and especially, based on these data, to try to identify the transcription factors which could mediate the effects of nutrients and hormones on the gene expression in human muscle and adipose tissu. I thus initially conceived and implemented a data base: NUDIAbase, which integrates biological data and results. I then developed a statistical tool to compare percentages of transcription factors recognition in promoter sequences between groups of genes, in order to determine if binding sites are significantly over-represented in the set of promoters corresponding to genes with a different expression pattern during hyperglycemia