Analyse post-génomique des interactions cellulaires dans des écosystèmes modèles

par Mathieu Maligoy

Thèse de doctorat en Ingénieries microbienne et enzymatique

Sous la direction de Pascal Loubière.

Soutenue en 2008

à Toulouse, INSA .

mots clés

• Interaction inter-espèce
• Culture mixte
• Transcriptome
• Génétique microbienne
• Lactococcus lactis
• Saccharomyces cerevisiae
• Fermentation

Résumé

L’objectif était de caractériser les mécanismes d’interaction entre la bactérie lactique Lactococcus lactis et la levure Saccharomyces cerevisiae dans des écosystèmes modèles. Le comportement macro-cinétique de L. Lactis, analysé en co-culture avec la levure et en culture pure, semble indépendant de la présence de la levure. Par contre, la levure utilise ses propres produits de fermentation (éthanol, acétate), ainsi que le lactate produit par L. Lactis, pour prolonger sa croissance en aérobiose. Une méthode pour réduire les hybridations croisées sur les puces à ADN de L. Lactis lors de l’analyse transcriptomique des co-cultures a été développée. Ainsi, pour la première fois, le transcriptome de L. Lactis a été analysé avec des puces à ADN dans une culture mixte. La comparaison directe des cultures pure et mixte en phase exponentielle de croissance met en évidence de nombreux gènes du métabolisme des pyrimidines sous-exprimés en co-culture. Ce phénomène, confirmé par RT-qPCR, semble lié à la présence d’éthanol produit par la levure. Selon une autre stratégie, l’analyse cinétique comparative des données de transcriptome a été soumise à différents traitements statistiques pour déterminer la robustesse des données. Malgré des différences entre listes de gènes sélectionnés, le profil d’expression global est similaire en cultures pure et mixte, caractéristique de l’adaptation à la carence en glucose. Même si certains gènes de régulateurs semblent différemment exprimés en cultures pure et mixte, L. Lactis semble finalement peu affecté par la présence de la levure

Titre traduit

Post-genomic analysis of the cellular interactions in model ecosystems

Pas de résumé disponible.