Thèse soutenue

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Auteur / Autrice : Julian Garrec
Direction : Philippe Sautet
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Chimie
Date : Soutenance en 2008
Etablissement(s) : Lyon, École normale supérieure (sciences)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire de chimie. Lyon (2003-….)

Résumé

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Ce manuscrit de thèse traite de la modélisation de la protéase aspartique du VIH-1 (HIV-1 PR) à l'aide de différentes méthodes de la chimie computationnelle. Deux modèles particuliers ont été développés. Le premier correspond au site actif de l'enzyme complexée avec le substrat. Une étude comparative, à l'aide de différentes méthodes théoriques, permet de montrer que l'approche hybride QM/MM-BLYP/PW:AMBER représente un très bon compromis entre précision et temps de calcul. Le second modèle représente un complexe entre la protéine et un inhibiteur de type aminoaldéhyde, traité au niveau QM/MM-BLYP/PW:AMBER. Nos calculs mettent en évidence des intéractions spécifiques peu favorables entre l'enzyme et l'inhibiteur. Ces résultats suggèrent le développement de dérivés alternatifs de type amino-aldéhyde qui pourraient présenter un pouvoir inhibiteur supérieur.