Variabilité génétique et spatio-temporelle au sein du genre Trichinella : étude dans une zone a forte endémicité

par Radu Blaga

Thèse de doctorat en Parasitologie

Sous la direction de Vasile Cozma et de Pascal Boireau.

Soutenue en 2007

à Paris 12 .

mots clés

• Trichinella
• Épidémiologie -- Roumanie
• ADN mitochondrial
• Variabilité génétique
• Séquençage des acides nucléiques

Résumé

Avec une incidence de 51 cas de trichinellose par million de personnes/an et une prévalence de 8 cas d'infaction à Trichinella pour 10000 porcs testés, 10 cas pour 1000 sangliers testés et 10 cas pour 100 ours testés, la Roumanie reste le pays avec la plus fortes infestation à Trichinella au monde. La comparaison géographique de l'incidence de la trichinellose humaine avec la prévalence de l'infaction à Trichinella chez les animaux suggèrent fortement l'influence d'habitudes alimentaires contrastées des populations locales sans exclure toutefois des manquements dans les contrôles sanitaires. Au cours des enquêtes décrites seules deux espèces de Trichinella ont pu être identifiées en Roumanie : T. Spiralis et T. Britovi. L'analyse de deux gènhes conservés chez Trichinella (GST24, SerP) a montré la difficulté d'utiliser ces cibles pour obtenir des différences génétiques entre espèces du genre. Leur faible antigénicité ne permet pas de différencier par ELISA indirect, différentes espèces de Trichinella infestantes. Une méthode de PCR basée sur l'amplification de l'ADN ribosomal mitochondrial a été établie comme méthode de typage sensible et reproductrice pour différencier les quatre espèces de Trichinella d'Eurasie. La technique SSH est utile pour l'identification des gènes spécifiques de stade de Trichinella mais elle a montré ses limites pour l'identification des gènes spécifiques d'espèce dans le genre. L'analyse des premiers résultats de séquençage des banques d'ADNc de T. Pseudospiralis montre l'identification de gènes nouveaux pour cette espèce, qui seront utiles pour le développement de test spécifique d'espèce et pour l'analyse de la diversité génique intra genre.

Titre traduit

Geographical and genetic variability within Trichinella genus : study case of a high endemic area

Résumé

With an incidence of 51. 0 cases per 106 persons per year of trichinellosis and a prevalence of 8 cases/104 tested animals for pigs, 9 cases/103 for wild boars, 13,1 cases/102 for bears, Romania represents the country with the most extensive Trichinella infection in the world. Geographical comparison of human trichinellosis incidence data with animal Trichinella infection prevalence figures suggests that, in Romania, it is the local populations's food habits, combined with the exhaustiveness of the food safety controls that are the main determinants of the geographic variations of human trichinellosis incidence rate. During the numerous field studies, only two species of Trichinella have been identified in Romania : T. Spiralis and T. Britovi. The analysis of two conserved genes of Trichinella (GST, SerP) showed the difficulty of identifying genetic or antigenic targets for a distinction between species of the same genus. Their weak antigenecity does not allow any differenciation between Trichinella species by means of indirect ELISA. A PCR based method using the mitochondrial ribosomal DNA was established as a sensitive and reproductible method for typing the four Trichinella species of Eurasia. A useful method for identification of stage-specific genes, the SSH showed poor results in identifying species-specific gene within the Trichinella genus. The analysis of the first results of sequencing of cDNA libraries of T. Pseudospiralis show the presence of new gene for this species, that will be useful for the development of a specific test as well as the analysis of intra-genus genetic variation.