Conception de ligands protéiques par bioinformatique et modélisation moléculaire

Design of protein ligands by bioinformatic and molecular modeling

• Auteur / Autrice : Cédrik Magis
• Direction : André Ménez
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biochimie. Bioinformatique. Intéractions toxiques
• Date : Soutenance en 2007
• Etablissement(s) : Paris, Muséum national d'histoire naturelle
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la nature et de l'Homme - Évolution et écologie (Paris)
• Jury : Président / Présidente : Max Goyffon
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Philippe Cuniasse, Thomas Haertlé
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Solange Lavielle, Hugues Bédouelle

Mots clés

Mots clés contrôlés

Bioinformatique

Interactions protéine-protéine

Ligands (biochimie)

Résumé

L’accroissement des connaissances, structurales et fonctionnelles, des protéines nous donne désormais une vision plus précise des phénomènes d’interaction. Ce travail présente le développement d’une nouvelle méthode de conception de ligands protéiques, laquelle repose sur le transfert d’un groupe de résidus, appartenant à un ligand connu et contribuant de façon importante à la liaison avec une cible d’intérêt, sur une protéine hôte, de moins de 100 résidus (mini-protéines). Ces protéines hôtes sont identifiées de manière systématique dans la « Protein Data Bank ». L’approche a été appliquée pour le développement de ligands du canal Kv1. 2. Trois ligands, possédant des constantes d’inhibition micromolaires, ont été ainsi conçus.

The increasing structural and functional knowledge of proteins gives us a clearer idea of how they interact. This work presents the development of a new method enabling the design of protein ligands based on the transfer of a set of aminoacids of a known ligand, contributing to the binding of a choosen target on an host protein, containing less than 100 residues (mini-proteins). These host proteins are identified from the “Protein Data Bank” in a systematic manner. This approach has been applied to the development of new ligands of the Kv1. 2 channel. Three ligands have been designed with inhibition constants in the micromolar range.