Thèse soutenue

Étude structurale de métalloprotéines à centres [2Fe-2S]. Cas d’une ferrédoxine et d’une dioxygénase impliquée dans biodégradation des hydrocarbures aromatiques. Cristallographie des protéines à très haute énergie. Méthodes de phasage d’une protéine modele à 55 keV.
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Auteur / Autrice : Jean Jakoncic
Direction : Vivian StojanoffYves Jouanneau
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Chimie physique, moléculaire et structurale
Date : Soutenance en 2007
Etablissement(s) : Grenoble 1

Mots clés

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Mots clés contrôlés

Résumé

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LES METALLOPROTEINES CONTENANT DES CENTRES FE-S JOUENT UN ROLE IMPORTANT DANS LA NA TURE CAR ELLES SONT IMPLIQUEES DANS DES FONCTIONS PHYSIOLOGIQUES ESSENTIELLES TELLES QUE LA PHOTOSYNTHESE, LA RESPIRATION ET LA FIXATION DE L'AZOTE. DANS CETTE THESE, UNE FERREDOXINE IMPLIQUEE DANS LA BIOGENESE DES CENTRES FE-S, ET UNE DIOXYGENASE BACTERIENNE JOUANT UN ROLE CRUCIAL DANS LA BIODEGRADATION DES HYDROCARBURES AROMATIQUES ONT FAIT L'OBJET D'ANALYSES STRUCTURALES PAR CRISTALLOGRAPHIE AUX RAYONS X. LA STRUCTURE D'UNE FERREDOXINE DE LA BACTERIE PHOTOSYNTHETIQUE RHODOBACTER CAPSULATUS, A ETE RESOLUE DANS LES ETATS OXYDE ET REDUIT. DE PETITS CHANGEMENTS STRUCTURAUX ONT ETE OBSERVES LORS DE LA REDUCTION, NOTAMMENT AU VOISINAGE DU CENTRE [2FE-2S]. CES CHANGEMENTS SONT COMPARES A CEUX DECRITS POUR DES FERREDOXINES DE STRUCTURE SIMILAIRE MAIS DE FONCTION DIFFERENTE. UNE METALLOPROTEINE PLUS COMPLEXE, APPARTENANT A UNE GRANDE FAMILLE DE DIOXYGENASES BACTERIENNES, A ETE ETUDIEE POUR SON ACTIVITE D'OXYDATION DES HYDROCARBURES AROMATIQUES POL YCYCLIQUES (HAP). CETTE ENZYME A TROIS COMPOSANTES, ISOLEE D'UNE SOUCHE DE SPHINGOMONAS DEGRADANT LES HAP COMPREND UNE OXYDOREDUCTASE ANAD(P)H, UNE FERREDOXINE A CENTRE [2FE-2S ET COMPOSANTE OXYGENASE DE SIX SOUS-UNITES ASSEMBLEES EN UN HEXAMERE DE TYPE ALPHA3BET A3. LA COMPOSANTE OXYGENASE, APPELEE PHNI, CONTIENT UNE CENTRE [2FE-2S] DE TYPE RIESKE ET UN ION FERREUX PAR SOUS-UNITE ALPHA,QUI ONT ETE IDENTIFIES PAR LEUR SIGNATURE RPE. L'ENZYME EST DOUEE D'UNE SPECIFICITE DU SUBSTRAT EXTREMEMENT LARGE, PUISQU'ELLE EST CAPABLE D'HYDROXYLE TOUTE UNEGAMME DE HAP FAIT DE 2 A 5 CYCLES AROMATIQUES, Y COMPRIS DES CANCEROGENES COMME LE BENZ[A]ANTHRACENE ET LE BENZO[A]PYRENE. AVEC LE NAPHT ALENE COMME SUBSTRAT, DES MESURES DE CINETIQUE ONT MONTRE QUE CETTE ENZYME A UN KM BAS (0. 92 MICRü-MOLE) ET UNE CONSTANTE DE SPECIFICITE DE 2. 0 MICRO-MOLE¯¹ SECONDE¯¹. LA PROTEINE PHNI A ETE CRIST ALLISEE, ET SA STRUCTURE 3D, A ETE RESOLUE AVEC UNE RESOLUTION DE 1. 85 ANGSTROM. EN DEPIT D'UNE MODESTE SIMILITUDE DE SEQUENCE AVEC DES DlOXYGENASES HOMOLOGUES, LE REPLIEMENT POL YPEPTIDIQUE EST TRES SEMBLABLE. DES DIFFERENCES ONT TOUTEFOIS ETE OBSERVEES AU NIVEAU DE LA POCHE CATAL YTIQUE LES PROTEINES SOUS FORME CRISTALLISEE, NOTAMMENT LES PROTEINES FE-S, PEUVENT SUBIR DES DOMMAGES DUS AU RA YONNEMENT X SYNCHROTRON, CAUSANT DES ARTEFACTS LOR DE LA DETERMINATION DE LA STRUCTURE. POUR ESSAYER DE PALIER CET INCONVENIENT, DES RAYONS X DE TRES HAUTE ENERGIE (55 KEV; 0. 22 ANGSTROM), QUI SONT PEU ABSORBES PAR LES PROTEINES, ONT ETE UTILISES POUR RESOUDRE LA STRUCTURE D'UNE PROTEINE MODELE, LE LYSOZYME. UNE STRUCTURE A ETE ETABLIE POUR LA PREMIERE FOIS PAR CETTE APPROCHE, EN UTILISANT LES PHASES EXPERIMENTALES OBTENUES PAR DIFFERENTES METHODES. LES APPLICATIONS POTENTIELLES EN BIOLOGIE STRUCTURALE SONT DISCUTEES.