Etudes structurales de la polymérase du virus de l'hépatite C

par Cécile Bussetta

Thèse de doctorat en Bioinformatique. Biologie structurale et génomique

Sous la direction de Bruno Canard.

Soutenue en 2007

à Aix-Marseille 2 , dans le cadre de Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille) .

mots clés

• Virus de l'hépatite C
• ADN polymérases
• ARN polymérases
• Cristallographie

Résumé

L’infection chronique par le Virus de l’Hépatite C (VHC) est à l’origine de la majorité des cirrhoses et cancers du foie. Les polymérases sont des cibles privilégiées pour des molécules antivirales. Tout d'abord, nous avons développé une méthode de recherche de nouveaux inhibiteurs à faible coût par criblage in silico. Puis, en absence de données structurales sur le complexe de réplication, j'ai construit des modèles, outils cruciaux pour la compréhension de données biochimiques. De plus, j'ai mis au point un protocole de cristallisation aboutissant à la résolution de la structure de la polymérase du VHC (VHCpol). Ceci constitue la base de l'obtention de structures de complexes avec des inhibiteurs ou substrats. En parallèle, nous avons mené la première étude structurale de VHCpol en solution par l'utilisation combinée du SAXS, de la cristallographie et de l'analyse des modes normaux. Ainsi, nous avons montré l'état dimérique et la flexibilité de VHCpol en solution au niveau atomique.

Titre traduit

Structurals studies of hepatitis C virus polymerase

Résumé

The Hepatitis C virus (HCV) infection is responsible of acute and chronic hepatitis that may lead to cirrhosis and liver cancer. The HCV polymerase (HCV-pol) is an important target for antiviral therapies. First, we develop a screening method to search new inhibitors. Then, in absence of structural data on the replication complex, we report 3D models that are important for the interpretation of biochemical data. Moreover, I develop a crystallization protocol leading to the resolution of HCV-pol structure. It constitutes the base to obtain complexes structures with substrates or inhibitors. In parallel, we carry through the first structural analysis of HCV-pol in solution, using Small Angle X-ray Scattering (SAXS) in combination with X-ray crystallography and Normal Mode Analysis. We could thus assess the dimeric state, the conformation and the flexibility of HCV-pol at the atomic scale and propose a structural model of HCV-pol in solution.