Adaptation génétique et fonctionnelle des communautés bactériennes dans les sols extrêmes de Nouvelle-Calédonie

par Aude Herrera

Thèse de doctorat en Écologie microbienne

Sous la direction de Timothy Vogel.

Soutenue en 2006

à Lyon 1 .

mots clés

• Génétique bactérienne
• Nature -- Effets de l'homme -- Nouvelle-Calédonie
• Sols -- Teneur en métaux lourds -- Nouvelle-Calédonie
• Nickel -- Aspect environnemental
• Biodiversité

Résumé

Grâce à leur fort potentiel adaptatif, les bactéries sont capables de se développer dans des sols fortement perturbés, caractérisés par des conditions édaphiques souvent hostiles à la vie. Ce programme de recherche a spécifiquement porté sur les sols de Nouvelle-Calédonie, véritables modèles de sols extrêmes en écologie. Ces sols, issus de roches ultramafiques, présentent en effet des carences en nutriments et des teneurs élevées en nickel. Par ailleurs, l'exploitation des mines de nickel a conduit à la destruction de la végétation sur de nombreux sites. Au cours de ces travaux, plusieurs méthodes complémentaires, basées sur des approches de microbiologie et de génomique environnementale, ont été utilisées, afin d'appréhender d'un point de vue taxonomique mais aussi fonctionnel l'adaptation des communautés bactériennes à ces sols, y compris des bactéries non-cultivées. Cette étude a permis de comprendre l'impact de l'anthropisation que représentent l'activité minière et les processus de revégétalisation sur les communautés bactériennes du sol, et suggère le fort potentiel adaptatif des Actinobactérie

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