Adaptation bactérienne à un composé xénobiotique, le lindane
par Hasna Boubakri
Thèse de doctorat en Biologie
Sous la direction de Timothy Vogel.
Soutenue en 2006
à Lyon 1 .
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Résumé
L'introduction des composés xénobiotiques confronte les bactéries à de nouveaux environnements. Leur dégradation implique le déroulement de stratégies adaptatives conduisant à la mise en place de nouvelles voies et de nouveaux gènes cataboliques. Cette stratégie peut résulter d'un remodelage interne des séquences d'ADN déjà présentes dans le génome des bactéries mais aussi de leur récupération par des transferts horizontaux auprès d'autres organismes bactériens. L'étude génétique d'une bactérie (Sphingobium) capable de dégrader le lindane a révèlé la remarquable plasticité de son génome (mouvements d'IS, réarrangements génomiques) dans la mise en place de la voie de dégradation. En parallèle, une approche bioinformatique et moléculaire nous aussi permis d'explorer les ressources génétiques présents dans le métagénome (ADN de l'environnement) afin de comprendre l'origine moléculaire d'un gène potentiellement nouveau (linA). Des fragments de gènes putatifs ont été identifiés et ont été intégrés dans une évolution in vitro (Shuffling) du gène
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