Étude transcriptomique au cours des phases précoces de l'embryogenèse somatique chez la chicorée (Cichorium intybus L. )

par Sylvain Legrand

Thèse de doctorat en Stratégies d'exploitation des fonctions biologiques

Sous la direction de Jean-Louis Hilbert.

Soutenue en 2006

à Lille 1 .

mots clés

• Embryogenèse somatique
• Filtres à ADN
• Chicorée sauvage -- Multiplication
• ADN complémentaire
• Transcription génétique
• Séquence nucléotidique
• PCR (génétique)

Résumé

L'embryogenèse somatique est un moyen de propagation végétative qui nécessite, à partir de cellules différenciées, une transition d'un état somatique à un état embryonnaire. L'utilisation d'explants foliaires de deux génotypes de chicorée, l'un embryogène (K59), et l'autre non-embryogène (C15), placés 4 jours en conditions d'embryogenèse somatique, a permis de construire deux banques d'ADNc soustractives (SSH). Une banque dite « embryogène » et une banque dite « non embryogène ». A partir de ces banques, 3348 ESTs (Expressed Sequence Tag) représentant 2077 gènes ont été obtenus. Une analyse transcriptomique par microarray sur les six premiers jours de culture en conditions d'embryogenèse somatique a permis d'identifier 417 gènes montrant une modulation d'expression significative sur au moins un point de la cinétique chez l'un et/ou l'autre des génotypes. Le regroupement des gènes par profils d'expression et la classification fonctionnelle des gènes a permis de proposer un modèle expliquant les réponses des génotypes embryogènes et non embryogènes aux conditions de culture. Plusieurs gènes présentant une hausse d'expression chez le génotype embryogène au cours de la cinétique peuvent être reliés à la synthèse d'énergie ou aux divisions cellulaires. De plus, un gène codant un facteur de transcription de type Scarecrow pourrait être impliqué dans la régulation des modalités des divisions cellulaires. Les fonctions des gènes montrant une hausse d'expression chez le génotype non-embryogène semblent traduire la mise en place d'un programme de sénescence au sein des explants de ce génotype

Titre traduit

Transcriptomic analysis during early stages of somatic embryogenesis in chicory (Cichorium intybus L. )

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