Diversité génétique du phytoplasme de la flavescence dorée de la vigne et des phytoplasmes apparentés : variabilité des loci secY-map et uvrB-degV

par Guillaume Arnaud

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et médicales. Œnologie et ampélologie

Sous la direction de Xavier Foissac.

Soutenue en 2006

à Bordeaux 2 .

mots clés

• Mycoplasmoses
• Phytoplasmes -- Différenciation (biologie)
• Phloème
• Flavescence dorée
• Aulnes -- Maladies
• Bactéries phytopathogènes
• Maladies de la vigne
• Cicadelles

Résumé

Le phytoplasme FD, une bactérie non cultivée provoque une maladie de quarantaine dans le sud de l'Europe. Les loci chromosomiques rplC-map (12 kpb) et uvrB-degV (1,9 kpb) de l'isolat FD70 ont été caractérisés par la technique d'hybridation suppressive soustractive et la marche sur le chromosome. La variabilité des loci secY-map et uvrB-degV au sein d'un panel d'isolats européens montre l'existence de trois clusters d'isolats FD génétiquement distincts. Ces clusters ont une forte parenté génétique avec les phytoplasmes transmis par la cicadelle Oncopsis alni aux aulnes et à la vigne. Le cluster FD2 est responsable de 85 % des foyers de FD en France et a des propriétés clonales. De plus, au contraire des clusters FD1 et FD3, le cluster FD2 est uniformément réparti. Ceci implique qu'il a été soit majoritairement propagé via des pépinières infectées, soit possède des propriétés épidémiques plus importantes. Le phytoplasme du rabougrissement du roncier se différencie génétiquement des autres phytoplasmes du groupe phylogénétique 16Sr-V.

Titre traduit

Genetic diversity of the grapevine flavescence dorée (FD) phytoplasma and related phytoplasma : variability of secY-map and uvrB-degV genetic loci

Résumé

FD phytoplasma is a non cultivable bacterium responsible of a quarantine disease in south Europe. The chromosomal loci rplC-map (12 kbp) et uvrB-degV (1,9 kbp) of the isolate FR 70 were characterized by suppression subtractive hybridization and genome walking. The variability of the secY-map and uvrB-degV genetic loci among a set of European isolates shows the existence of three genetically distinct clusters of FD strains. The three FD clusters are strongly related to the phytoplasmas transmitted by Oncopsis alni to alder and grapevine. The cluster FD2 is responsible of 85 % of the cases of FD in France and is clonal. In addition, on the contrary of clusters FD1 and FD3, the cluster FD2 is widely distributed in France and is present in Italy. Therefore, the cluster FD2 might have been mostly spread through infected nurseries or has a higher kinetics of insect propagation. The rubus stunt phytoplasma is clearly genetically distinct from the other members of the phylogenic group 16Sr-V.